Tarih Öncesi: Kentin kuruluşu tarih öncesi; devirlere dayanmaktadır. Karaağaç mıntıkasında Telli köy adını taşıyan höyükte Mc. Evan`ın bulduğu bazı çanak çömlek parçaları buranın antik çağ öncesi yerleşime açıldığını göstermektedir. Milattan Önce: MÖ. 2000`li yıllarda burada Hititler`e bağlı Kadu Beyliği`nin kurulduğu bilinmektedir. ( Kadu, Hitit`çe de körfez anlamına gelmektedir.) MÖ. 1200`lü yıllardan önce Fenikeli`ler burada "Myriaydus" adıyla bir koloni kurdular. Burası M.0. 1200`den sonra merkezi Reyhanlı (Kuruluo) olan geç devir Hattini krallığına bağlandı. MÖ. 7. yüzyılda Türk asıllı bir millet olan Hurriler`in eline geçen İskenderun ve çevresi MÖ. 6. yüzyılda Perslerin eline geçmiştir. İskenderun gerçek anlamıyla MÖ. 333 yılında, Asya seferine çıkmış olan Büyük İskender tarafından kurulmuştur. O zamanlar asıl adı "Alexandreia" idi.
Roma ve Sonrası: Roma hakimiyeti başladıktan sonra, İranlıların istilasına uğrayan kalesi tahrip edilip, yeniden inşa edilen şehrin adı Peutinger tabularında bu bölgede cüzzam hastalığı yayılmış olduğu söylentileriyle Alexandreia Scabiasa olarak gösterilmektedir. Nihayet yine düzeltme amacıyla 4. yüzyıldan itibaren "Küçük İskenderiye" de denilmiştir. Kalesi muhtemelen Abbasi halifesi tarafından yeniden inşa ettirildi. İslam kaynaklarında ismi İskenderiye, İskenderun`a olarak geçen şehir Doğu Roma İslam rekabeti sırasında defalarca el değiştirmiş Büyük Selçuklu Devletine sonra Eyyubiler`e geçmiş, Birinci Haçlı seferi sırasında Tancrede tarafından zapt edilmiştir (1097). Antakya Dukalığının Mısır Memlük Devleti tarafından ortadan kaldırılması üzerine 14 ve 15. yüzyılda bu bölge Memlükler`in Halep valileri ve bazen de Dulkadirliler emirliliğinin nüfuz sahasında kalmıştır.
