Antakya’nın Hıristiyan dini yönünden önemli olması bu bölgede kiliselerin yoğunlaşmasına neden olmuştur. Bunun sonucu olarak da Antakya Kilisesi 1833 yılında Mısır Bilad Al Şam hükümdarlığı zamanında Mohammed Ali oğlu İbrahim Paşa’nın izni ile ahşap, basit bir kilise olarak yapılmıştır. Sonraki yıllarda beyaz taştan yüksek bir alanda geniş bir avlu ortasında yapılmış, çevresine de müştemilat binaları eklenmiştir.Kilisenin içerisine 70x70 cm2’lik iki sütun arasından girilmektedir. Bu sütunlardan bir tanesinin üzerine 2 m. yüksekliğinde 12 satırlık bir şiir, bu kiliseye maddi yardımda bulunan bir aile tarafından Mihail isimli oğullarının anısına yazılmıştır.  
Kilisenin üç salonu ve batı, kuzey, güney yönlerine açılan üç büyük kapısı vardır. 

Doğu Ortodoks Kiliselerinin en güzel örneklerinden biri olan bu kilise deprem sonrası Rus mühendislerinin yardımları ile yeniden yapılmış ve Rus kiliselerinin üslubu burada da karşımıza çıkmıştır. Kilisenin içerisinde liturjik kilise eşyaları bulunmakta olup, bunların yanı sıra Bizans, Rus ve Suriye kökenli ikonalar da vardır. Ayrıca antik bir taştan yapılmış Taufe Curunu (Vaftiz Kuyusu)’dan akan sular kilise altındaki mezarlığa dökülmektedir.Kilisenin kuzeyinde 1911 yılında Patrik IV. Gregorios zamanında yapılmış olan Ruhban okulu günümüzde kilisenin protokol salonu olarak kullanılmaktadır.