Harput'un Türklerin Eline Geçişi Büyük Selçuklu hakimiyetinin Anadolu'ya kayması ile Harput'un Türk yurdu olmasında en önemli savaşın Malazgirt Meydan Muharebesi olduğuna şüphe yoktur Nitekim Harput ve çevresi 26 Ağustos 1071 Malazgirt muharebesinden sonra Türklerin eline geçmiş olup yörede Büyük Selçuklu Devletine bfağlı olarak Çubuk beyin idaresinde, Çubukoğulları Beyliği kurulmuştur (1085). Harput'un Türkler tarafından alınmasına kadar sadece müstahkem bir kale hüviyetinde kalan bu yer Türklerle beraber büyüyen bir şehir haline gelmiştir. Çubukoğulları Beyliğinin ömrü uzun sürmemiş 1110 yılında Artuklu Belek B. Behram Harput ve yöresini ele geçirerek Artukoğulları dönemini başlatmıştır. Belek Gazi, Haçlı seferlerine karşı büyük mücadeleler vermiştir. Belek Gazinin 1124 yılında ölümünden sonra Harput, Hısnıkeyfa Artuklu hükümdarı Davud'un eline geçmiştir. Bir müddet sonra Davud'un kardeşi İmadeddin Ebu Bekir tarafından Harput'ta Harput Artukluları diye bilinen bağımsız bir beylik kurulmuştur. Ondan sonra gelen Hızır ve Nureddin Artuk Bey, Eyyubilere tabi olmuşlardır. Artuklu hakimiyeti 1234 yılına kadar sürmüştür. Artuklu hükümdarlarından, Fahreddin Karaaslan'ın Harput tarihinde unutulmaz yeri ve eserleri vardır. Nitekim Fahreddin Karaaslan 1148-1174 yılları arasında Harput'ta hüküm sürmüş ve burada bulunan ulu camiyi yaptırmıştır. Geçici bir süre Harizm sultanı tarafından zaptedilen Harput, 1230 yılında Moğolların eline geçmiştir. 1234 yılında Artuk hanedanına, Alaaddin Keykubad I. tarafından son verilmiş, 1234 yılından itibaren Türkiye Selçuklu Devleti'nin hakimiyeti altına girmiştir.
Türkiye Selçukluları devrinde Harput, bir subaşı tarafından idare edilmiş, bu devirde "Arap Baba" Türbe ve Mescidi hariç önemli bir eser günümüze kadar gelmemiştir. Kösedağ savaşından bir süre sonra da İlhanlılar tarafından zaptedilmiştir. 14.yüzyıl ortalarında bir süre Harput, Eratnalılar ile Dulkadiroğluları arasında mücadele konusu olmuştur. 1366 yılında Dulkadirli Halil Bey tarafından şehir ele geçirilmiştir. Dulkadirli, Kadı Burhaneddin, Karakoyunlu ve Akkoyunlu Devletleri arasında sık sık el değiştirdikten sonra şehir, 1465 yılında Akkoyunlu Uzun Hasan tarafından zaptedilmiş ve kırk yıl kadar Akkoyunlular'ın idaresinde kalmıştır. Bu dönemden günümüze kadar gelen en önemli eser olarak Sare (Saray) Hatun camiidir. 1507 yılında Safevilerin eline geçen Harput, 1515 yılında Çaldıran zaferinden sonra Osmanlı hakimiyetine girdi (1516). Arkasından şehir, aynı adla kurularak Diyarbekir eyaletine bağlanan sancak merkezi ve sancağın ilk tahriri 1518 Eylülünde tamamlandı. Bu tahrire göre Harput on üç mahalleden meydana geliyordu ve bunların dokuzunda Müslüman, dördünde gayri Müslim halk oturuyordu. 1523'te Müslümanların mahalle sayısı on dörde çıkarken gayri Müslimlerin değişmedi.1566'da biri hariç 1523'teki mahalleler aynı kaldı. Şehrin girişinden başlayarak kalenin önüne kadar inen caddenin iki yanında yer alan Müslüman mahallelerinden en kalabalık olanları 1523-1566 tahrirlerine göre Molla Seyyd Ahmed, Cami-i Kebir, Arslaniye Mescidi ve Müderris Mescidi idi. Nispeten yoğun bir yerleşmenin görüldüğü gayri Müslim mahallelerinin en kalabalıkları ise şehrin Elazığ'a bakan batı tarafındaki Gürcü Bey ile doğu yamaçlarındaki Norsis mahalleleriydi. Şehrin 1518'de, 6.000 olan nüfusu giderek artmış ve bu rakam 1523'te 8.300'ü, 1566'da 13.400'ü geçmişti. 1516-1566 yıllarında toplam nüfusun %54-62'sini Müslümanlar, %38-46'sını gayri Müslimler teşkil etmekteydi. Harput'un nüfusu 17. Yüzyıla kadar sürekli arttığı görüldü. Bu asırda Celali isyanları sırasında tahribata uğraması, mesela 1605'te Tavil Mehmed'in kendisini burada kuşatan Karakaş Ahmed Paşanın kuvvetlerine karşı koruyabilmek için bir kısım evleri yıktırıp taş ve kerestelerini harap haldeki surların tamirinde kullanması ve ağırlaşan vergiler gibi sebepler yüzünden nüfus, azalmaya başladı. 17.yüzyılın başlarında buraya uğrayan Polonyalı Simeon şehirde sadece 100 hane kadar Ermeni olduğunu kaydeder. Yine bu yüzyılın ortalarına ait bir avarız tahrir defterine göre şehirde nüfusun 4-5000 dolayına düştüğü anlaşılmaktadır. Evliya Çelebi ise hisar içinde 1000 kadar toprak örtülü ev ile eski bir caminin bulunduğunu ve dış surların harap durumda olduğunu belirtmektedir. XIX. Yüzyılda şehrin önemi biraz daha arttı ve nüfusu fazlalaştı; burayı ziyaret eden batılı seyyahlar yüzyılın ikinci yarısında nüfusun 25.000'i aştığını belirtirler. V. Cuinet, XIX. Yüzyılın sonlarına doğru Harput'ta 12.600 Müslüman, 4850 Gregoryen, 1845 Protestan, 252 Katolik ve 453 Ortodoks'un yaşadığını: Şemseddin Sami ise 2670 ev, 843 dükkan, on cami, on medrese, sekiz kütüphane, sekiz kilise, on iki han ve doksan hamamın olduğunu kaydeder.
Osmanlı hakimiyeti döneminde Harput, Basra ve Bağdat'tan Diyarbekir'e gelip Malatya ve Sivas istikametinde devam eden ticaret yolunun üzerinde bulunuyordu. Bu yol aynı zamanda askeri amaçlarla da kullanılıyor, ayrıca bir yol da Bingöl ve Muş üzerinden Van'a ulaşıyordu. Bu kervan yolları Harput için önemli gelir kaynağı durumundaydı. 16. ve 17. Yüzyıllarda gelip geçen ticaret mallarından alınan vergiler mühim bir meblağ teşkil ediyordu. Harput aynı zamanda çevresinin sanayi merkezi durumunda idi. Dericilik, demircilik ve bakırcılık çok gelişmişti. Sadece çeşitli kumaşların renklendirilip desen verildiği boyahanenin geliri 1518'de 44.000, 1523'te 62.000, 1566'da 122.000 akçe idi. 17.yüzyıl ortalarında Evliya Çelebi Harput'ta 600'den fazla dükkan bulunduğunu kaydetmektedir. Yerleşmeye elverişli olmayışı, tabiat şartlarının zorluğu, iaşe teminindeki güçlük Harput'un daha fazla gelişmesini önlemiştir. 1834'de doğu eyaletlerini ıslah etmek üzere görevlendirilen Reşid Mehmed Paşa Ovada yer alan Agavat Mezrası'nı merkez haline getirince, daha sonra teşkil edilen Mamuretülaziz (Elazığ) vilayetinin merkezi, Harput'tan buraya taşınmış aynı yıl hastane, kışla ve cephane binaları yapılmış vilayet merkezi, Harput'tan buraya nakledilmiştir. Bu nakilde, Harput'un stratejik açıdan önemini kaybetmesi önemli rol oynamıştır. 19.yüzyılın ikinci yarısında ve 20.yüzyılın başlarında Ermeniler arasında Protestanlığı yaymaya çalışan Amerikan Misyonerleri buraya yerleşmişler ve 1876'da bir de kolej açmışlardır. I. Dünya Savaşı sırasında şehrin ermeni nüfusu başka yerlere nakledilirken Müslümanların bir çoğu aşağıdaki Mamuretulaziz'e göçmüş, böylece Harput bir harabe şehir haline dönüşmüştür. Sultan Abdulaziz'in tahta çıkışının 5.yılında Hacı Ahmed İzzet Paşa devrinde buraya tayin edilen, Vali İsmail Paşanın teklifi ile 1867 yılında "Mamurat al-aziz" adı verilmiştir. Fakat telaffuzu güç olduğundan halk arasında kısaca "Elaziz" olarak söylene gelmiştir.
