Tarih Öncesi: Kentin kuruluşu tarih öncesi;devirlere dayanmaktadır. Karaağaç mıntıkasında Telli köy adını taşıyan höyükte Mc. Evan`ın bulduğu bazı çanak çömlek parçaları buranın antik çağ öncesi yerleşime açıldığını göstermektedir. Milattan Önce: MÖ. 2000`li yıllarda burada Hititler`e bağlı Kadu Beyliği`nin kurulduğu bilinmektedir. ( Kadu, Hitit`çe de körfez anlamına gelmektedir.) MÖ. 1200`lü yıllardan önce Fenikeli`ler burada "Myriaydus" adıyla bir koloni kurdular. Burası M.0. 1200`den sonra merkezi Reyhanlı (Kuruluo) olan geç devir Hattini krallığına bağlandı. MÖ. 7. yüzyılda Türk asıllı bir millet olan Hurriler`in eline geçen İskenderun ve çevresi MÖ. 6. yüzyılda Perslerin eline geçmiştir. İskenderun gerçek anlamıyla MÖ. 333 yılında, Asya seferine çıkmış olan Büyük İskender tarafından kurulmuştur. O zamanlar asıl adı "Alexandreia" idi.
Roma ve Sonrası: Roma hakimiyeti başladıktan sonra, İranlıların istilasına uğrayan kalesi tahrip edilip, yeniden inşa edilen şehrin adı Peutinger tabularında bu bölgede cüzzam hastalığı yayılmış olduğu söylentileriyle Alexandreia Scabiasa olarak gösterilmektedir. Nihayet yine düzeltme amacıyla 4. yüzyıldan itibaren "Küçük İskenderiye" de denilmiştir. Kalesi muhtemelen Abbasi halifesi tarafından yeniden inşa ettirildi. İslam kaynaklarında ismi İskenderiye, İskenderun`a olarak geçen şehir Doğu Roma İslam rekabeti sırasında defalarca el değiştirmiş Büyük Selçuklu Devletine sonra Eyyubiler`e geçmiş, Birinci Haçlı seferi sırasında Tancrede tarafından zapt edilmiştir (1097). Antakya Dukalığının Mısır Memlük Devleti tarafından ortadan kaldırılması üzerine 14 ve 15. yüzyılda bu bölge Memlükler`in Halep valileri ve bazen de Dulkadirliler emirliliğinin nüfuz sahasında kalmıştır.Osmanlı Dönemi: Osmanlı yönetiminde seçkin bir hayat sürdüren İskenderun ve çevresi 1607 yılında Sadrazam Kuyucu Murat Paşa ile Celali Canbolatoğlu arasında Oruç ovasında meydana gelen savaş dolayısıyla hareketli olaylara şahit olmuştur. 17. yüzyılın başlarında ise Halep valisi Nasuh Paşa, bu günkü varyant yolu güzün deresi kanalının kesiştiği noktada hala bazı duvar kalıntılarının görüldüğü kalenin inşaatını başlatmıştır. Aynı zamanda, İskenderun, Osmanlı İmparatorluğu zamanında ticari ve stratejik özelliğini giderek arttıran bir yoğunlukla sürdürdü. Özellikle Doğu Akdeniz ticaretinde önemli bir liman vazifesi gören şehir, Orta Doğu ile olan ithalat ve ihracatta yerini almıştır. Bu liman özellikle 19. yüzyıldan itibaren Avrupalı sömürgeci devletlerin ilgi odağı haline gelmiş, Orta Doğuda yerleşme planlarında önemli bir yer tutarak rekabet unsuru haline gelmiştir. 1832 yılında Kavalalı Mehmet Ali Paşanın oğlu İbrahim Paşanın kumandasındaki Mısır ordusu, Ağa Hüseyin Paşa komutasında ki Osmanlı ordusunu Belen geçidinde ağır bir yenilgiye uğratınca İskenderun kısa bir süre için Mısır valisi Kavalalı Mehmet Ali Paşanın yönetimine girmiştir. 1839`da Tanzimat ile birlikte yapılan idari düzenlemeyle İskenderun, Payas ve Belen ile birlikte Adana eyaletine bağlanmıştır. 1872 depremi İskenderun`da çok hasara neden oldu. 1881 yılında Maliye Müfettişi Mesut Bey İskenderun hakkında detaylı bir bayındırlık raporu hazırlayarak maliye nezaretine sunmuştur. Bu rapor üzerine demir yolunun İskenderun`a bağlanması kararlaştırılmış, liman genişletilmiş ve İskenderun Halep şosesinin yapımı hazırlanmıştır.19. Yüzyılın sonlarında Osmanlı topraklarında ilk petrol İskenderun'un Çengen köyünde bulunmuş,bölgede sondajlarda bazı sonuçlar alınmışsa da açılan kuyulardan verim sağlanamamış çalışmalar durdurulmuştur. 1912 yılında Bağdat demiryolunun tali bir hattı olarak Toprakkale-İskenderun demiryolu işletmeye açılmış ve şehrin Anadolu ile olan ulaşımı yoğunluk kazanmıştır.Bu tarihlerde İskenderun 4 mahalleden oluşan , 1 nahiyesi 24 köyü olan birinci sınıf kazadır.Fransız İşgali: Osmanlı Devleti döneminde belirli bir idari bütünlük veya coğrafi bölge olarak tanımlanmayan, Fransız işgali döneminde “İskenderun sancağı” (kısaca Sancak) olarak adlandırılan ve 1936 yılında Atatürk tarafından Hatay adı verilen bölgenin Anavatan’a ilhakı, Türkiye’nin diplomasi tarihi açısından üstün bir başarı ve örnek bir olay teşkil etmektedir.İskenderun Sancağı I. Dünya Savaşı’ndan sonra Fransa’nın Ortadoğu’daki nüfuz bölgesine dahil edilmiş, Milli Mücadele sırasında Türkiye ile Fransa arasında 20 Ekim 1921 tarihinde imzalanan Ankara İtilafnamesi ile Türkiye’nin güney sınırları tespit edilirken, bu bölge Türk toprakları dışında bırakılmıştı. Sancak bölgesi Misakı Milli sınırları içinde olmasına rağmen, Milli Mücadele’nin henüz kesin bir sonuca ulaşmadığı bir sırada, Fransa ile savaşı sona erdiren bir anlaşma yapılırken; bölgenin Anavatandan ayrı kalmasını kabul etmek mecburiyeti hasıl olmuştu. Ancak Atatürk’ün liderliğinde yürütülen askeri ve siyasi mücadele sonunda bağımsızlığına kavuşan Türkiye, II. Dünya Savaşı öncesi uluslararası siyasal konjonktürü ustaca değerlendirerek bu milli meseleyi tekrar gündeme getirmiştir.Genelde Türkiye’nin olduğu gibi, Hatay’a yönelik politika da bizzat Atatürk tarafından, fakat; diğer ilgili kişi ve kuruluşlarla birlikte tespit edilip, önce, Hatay’a bağımsızlık verilerek Suriye’den koparılması, daha sonra da Anavatana ilhak edilmesi şeklinde cereyan eden iki aşamalı bir strateji izlenmiştir. Bu temel strateji çerçevesinde Hatay meselesini kan dökmeden, en son aşamasına ulaştıran Atatürk aramızdan ayrılmış. Başta İsmet İnönü olmak üzere, Türk devlet adamları da belirlenen strateji gereği mutlu sonucu elde etmişlerdir.İngiltere ve Fransa I. Dünya Savaşı içinde gizli olarak imzaladıkları Sykes-Picot Anlaşması ile Ortadoğu bölgesini paylaşmışlardı. Bu anlaşmaya göre Suriye, Lübnan ve Çukurova dolayısı ile Sancak bölgesi Fransa’nın nüfus bölgesine dahil edilmiştir. I.Dünya Savaşı sonunda 30 Ekim 1918 tarihinde Mondros Mütarekesi imzalandığı sırada, Sancak bölgesi Türk küvetlerinin kontrolünde bulunuyordu. Ancak Mütarekenin 7. ve 16. maddelerini ileri süren itilaf devletleri bölgede Yıldırım Orduları Komutanı olarak bulunan Mustafa Kemal Paşa’nın direnmesine rağmen 4 - 9 Kasım 1918’den itibaren başta İskenderun Limanı olmak üzere Hatay, Urfa, Antep, Maraş ve Çukurova bölgesini işgal etmişlerdir. İşgallere paralel olarak gizli anlaşma gereği bölge Fransa’ya bırakılmış, Fransa da bölgedeki hakimiyetini sağlamlaştırmak amacıyla 27 Kasım 1918’de merkezi Beyrut’ta bulunan Fransız Yüksek Komiseri General Gouraud tarafından yayınlanan bir kararname ile “İskenderun Sancağı”nı kurmuştur.
Mondros Antlaşması ile bu topraklarda görevi bitmiş olan Yıldırım Orduları Komutanı Mustafa Kemal Paşa, tekrar geldiği Adana'da bu işgal hareketini müttefik orduları kumandanı Mareşal Allanby nezdinde protesto ederken, ilerde Hatay Meselesi haline gelecek olan bu konuya, o tarihten itibaren ilgi duymaya başlamıştı. Mustafa Kemal Paşa Çukurova’da yapmış olduğu çalışmalarla bölge insanını ileride meydana gelebilecek işgallere karşı önce fikirsel olarak hazırlamış ve sonra da halkın örgütlenmesini istemişti. Mustafa Kemal Paşa’nın yönlendirmesini dikkate alan bölge halkı kurtuluş fikri ile hareket ederek, düşman istilasına karşı milli mukavemeti oluşturmak amacıyla örgütlenmişti. Örgütlenen bölge halkı Kuva-yi Milliye adıyla küçük müfrezeler meydana getirerek işgallere karşı direnişe geçmişti. Böylece Mustafa Kemal Paşa’nın direktifleriyle hareket eden bölge insanı, milli direnişin ilk kıvılcımını 19 Aralık 1919 da düşmana karşı sıkılan ilk kurşun ile Dörtyol’da başlatmıştır. Dörtyol yöresinde başlayan ilk Milli Mukavemetler, gittikçe bütün kutsal vatan topraklarına yayılmış, ayrıca çığ gibi büyüyerek, Milli Mücadele şeklini almış ve düzenli ordu şekline de dönüşerek, 9 Eylül 1922 günü düşmanın denize dökülmesiyle büyük bir başarıya ulaşmıştır.
Yerli halkın ileri gelenlerinden bir grubun Fransız yönetimine karşı mücadele kararı alması ile sancakta ilk direniş hareketinin çekirdeği kurulmuş oldu. Bu grubun liderliğinde hareket eden mücahitler, zaman zaman Fransız işgalcileri ile silahlı çatışmaya da girdiler. 13 Temmuz 1919'da İskenderun Sancağı'na gelerek halka Fransız yönetiminden memnun olup olmadıklarını soran Amerikan heyetine büyük çoğunluğun Türk idaresini istedikleri şeklindeki beyanı, Fransız yönetimine karşı başlatılan direniş hareketinin haklılığını göstermekte idi.
Sivas Kongresi'nde ilk esasları meydana çıkmış olan Misak-ı Milli kavramı ile ilgili olarak bu direniş hareketinin önde gelen isimlerinden Tayfur Ata Bey (Sökmen) ile Ankara arasında yapılan yazışmalarda, İskenderun Sancağı ve havalisinin de (Hatay) bu hudutlar içerisinde olduğunun Mustafa Kemal tarafından belirtilmiş olması, bir süredir Misak-ı Milli hududu dışında kaldıkları kuşkusu içinde olan bölge halkının maneviyatını yükseltti.
Güneydoğu Anadolu ve İskenderun Sancağı'nda iki yıldır süregelen ve Fransız hükümetini huzursuz eden direniş hareketinin ve çatışmaların sona erdirilmesi amacıyla, Ankara Hükümeti ile 9 Haziran 1921 tarihinde başlanan görüşmelerin, 20 Ekim 1921 tarihinde imzalanan Ankara Antlaşması ile bir uzlaşma ortamına girmesi üzerine, Antakya'da Fransız yönetimine karşı sürdürülen direniş faaliyetine bir süre ara verildi. Ancak, antlaşmanın imzalanmasından kısa bir süre önce, 26 Ağustos 1921 tarihinde, Fransızlar bütün Suriye'yi işgal ederek, daha önce kurmuş oldukları Faysal başkanlığındaki Suriye Hükümeti'ne son vermiş ve ülkede manda yönetimini uygulamaya başlamışlardı.
Ankara Antlaşması hükümleri içinde sancak dahilindeki okullarda Türkçe'nin okutulması, Arapça'nın yanında Türkçe'nin de resmi mahiyette bir dil olması, Türk Kültürünün yayılması, sancak bayrağının Türk Bayrağı'na benzer bir bayrak olması gibi maddeler bulunmasına rağmen, Fransızlar bu maddeleri hiçbir zaman uygulamadılar. Özellikle eğitim ve sağlık hizmetlerinde, Hristiyan nüfusu, Türk nüfusa yeğ tutan bir davranış içine girdiler. Bu tutum, sancakta yaşayan farklı etnik grupların, farklı dili konuşanların ve farklı siyasi akımlara mensup olanların çatıştığı karışık bir ortam yarattı.
Fransızların, İskenderun Sancağı'ndan çekilmemeleri ve sancak içindeki Türk nüfusa karşı davranışlarındaki eşitsizlik üzerine tekrar faaliyete geçen direniş örgütü, merkezi Adana'da olan, Tayfur Ata Bey (Sökmen) başkanlığında, İskenderun ve Havalisi Müdafaa-ı Hukuk Cemiyeti'ni kurarak, Ankara ile ilişkilerini devam ettirdiler ve bir heyet halinde Ankara'ya giderek, Mustafa Kemal'den bölge ile ilgilenmesini istediler.
1922'de Fransızlar tarafından Suriye Devletleri Federasyonu kuruldu ve İskenderun Sancağı, Federasyona bağlı olan Halep Devleti içinde yer aldı. Ülkenin bağımsızlığını ve bütünlüğünü garanti altına alan ve yeni Türkiye Devleti'nin sınırlarını çizen Lozan Antlaşması'nda esaslı bir şekilde ele alınmayan ve bu nedenle yöre halkının umutsuzluğa sevk eden Hatay Meselesi, Atatürk'ün 15 Mart 1923 günü Adana'da yaptığı konuşmada, “Kırk asırlık Türk yurdu düşman elinde esir kalamaz. Günü gelecek siz de kurtulacaksınız” diyerek Hatay konusuna bakış açısını net bir şekilde ortaya koymuştur.
Gelişen olaylar karşısında bölgede yaşayan diğer etnik gruplara karşı da örgütlenme ihtiyacı duyan Türk nüfus, Türkiye ile birleşme temasını işleyen Altın-Özü isimli bir gazete ile faaliyeti çok kısa süren Antakya Halk Fıkrası adlı bir de parti kurdular.
Bölgedeki huzursuzlukların Milletler Cemiyeti'nde yaptığı etkiler sonucu 1926 yılında Fransızlar, İskenderun'da bir hükümet kurulması teklifini gündeme getirdiler. Teklife göre, Beyrut'taki yüksek komiserliğe bağlı olarak çalışacak bu hükümetin kendi anayasası, kendi meclisi ve seçilmiş bir başkanı bulunacaktı. Hükümet merkezi olarak İskenderun öngörülmekteydi. Bu hükümetin teşkili amacıyla yapılan seçimler sonucunda, Arapların çoğunlukta olduğu bir meclis oluştu. Başkanlığına da Ahmet Türkmen'in adaylığına karşılık, İskenderun Sancağı'nda Fransız olağanüstü komiserinin delegeliğini yapan H. Duriex'in getirildiği Bağımsız İskenderun hükümeti, gördüğü tepkiler karşısında kısa bir süre sonra ismini, Kuzey Suriye Hükümeti olarak değiştirme kararı aldı.
Anayasaları gereği sancağın bağımsızlığı için yemin etmiş olan Kuzey Suriye Meclisi milletvekilleri bu karardan dört gün sonra, Şam'daki Merkezi Suriye Hükümeti'ne bağlanma kararı aldı. Ortaya çıkan bu yeni durum üzerine Fransa'nın Suriye üzerindeki manda yönetiminin sona ereceği 1935 yılından sonra, İskenderun Sancağı'nın geleceğini, Türk nüfusun çıkarlarına uygun bir neticeye ulaştırmak amacında olan Türkler, Fransızların engelleme gayretlerine rağmen hedeflerine ulaşmak için yoğun bir propaganda faaliyetine girmişlerdir.
Hatay Devleti: Fransa`nın Suriye`ye bağımsızlık tanıması için yapılan çalışmalar üzerine Türk Hükümetinin müdahalesi ile bağımsız Hatay devleti kurulmuş aynı gün Hatay meclisi yasama çalışmalarına başlamıştır. Anavatana İlhak: Nihayet bir yıl sonra bu meclis Hatay`ın Anavatana katılması kararını alınca İskenderun, Türkiye sınırlarına dahil olmuştur. 5 Temmuz 1938 Günü Türk Ordusu İskenderun`a girmiştir.