Kırıkhan’ın tarihi İsa´nın doğumundan  MÖ 3000 yıl öncesine dayanmaktadır. Bağlı bulunduğu Hatay merkezi ile tarihi bir bütünlük gösterir.

Kırıkhan´ın doğusunda Suriye ve Kumlu, Batısında Belen, Kuzeyinde Hassa, Güneyinde Antakya ve Kumlu bulunmaktadır. Eski dönemlerde canlı bir uğrak yeri olan Kırıkhan, Antakya – Maraş, İskenderun – Halep yollarının kesiştiği noktada, çok sayıda Han’ın bulunduğu bir konaklama merkezi olarak bilinmektedir.

Akdeniz’den Doğuya uzanan ticaret yollarının geçiş yeri özelliğine sahip Kırıkhan, yüzyıllarca kervanların kullandığı İskenderun’dan Halep´e, Antakya´dan Kahramanmaraş´a ve Gaziantep´e giden İpek Yollarının kesiştiği bir yerleşim merkezi olması nedeniyle Osmanlı İmparatorluğu döneminde de yerleşim bölgesi olarak gelişimine devam etmiş, Kırıkhan ve çevresi yoğun bir göç alarak büyük bir yerleşim yeri haline gelmiştir.

İlçe merkezinde Orta Paleolitik döneme ait herhangi bir buluntu olmamasına rağmen, sırasıyla Akad, Hurr, Hitit, Asur ve Pers akınları ile kısa süreli yerleşimlerin yöre için söz konusu olduğu kesindir. MÖ 333 yılında Büyük İskender’in Pers İmparatorluğu’nu yıkmasıyla birlikte kurulan yeni düzende Kırıkhan merkez ve çevresi yoğun yerleşimlere sahne olmuştur. Merkeze yakın Alabeyli, Ceylanlı, Bektaşlı köyleri çevrelerinin iskân edildiği saptanmıştır. Helenistik dönemin izlerini taşıyan Darb-ı Sak (Trepesa) kalesi, Alan yaylasının arka kısımlarında kalan Şırvan (Şalan) Kalesi ile ova boyunca bir dizi halinde yer alan Koyuncu Höyüğü, Halil Ağa Höyüğü ve Boz höyük, Kırıkhan’ın tarihte bir “Güvenlik ve Haber alma Merkezi” olarak düşünüldüğünü ve buralarda çeşitli uygarlıkların hayat sürdüğünü ortaya koymaktadır. Ancak elimizde yöre tarihiyle ilgili yeterli kaynak bulunmamakta, Darb-ı Sak Kalesi, eski Türkmen topluluklar hakkındaki çalışmalar ve Hatay tarihiyle ilgili kaynak ve salnamelerde yöreye ilişkin bazı bilgilere ulaşmak mümkündür.

Bazı Yabancı ve Osmanlı Kaynaklarında, Kırıkhan’ın isminin son yüzyılda duyulmaya başlandığı ifade edilmekteyse de, 16 veya 17 yüzyılda yaşadığı düşünülen Türk Halk Şairlerinden Karacaoğlan’ın bir şiirinde “Kırıkhan’dan yüklediler göçünü” cümlesinde “Kırıkhan” ismi geçmektedir.

Kırıkhan ilçe olmadan önce, “yakın yörenin pazaryeri”1920’li yılların başlarına kadar, uzun yıllar boyunca Darb-ı Sak Kalesindeki “ziyarette” kurulmuştur. Pazaryeri kalabalık ve renklidir. Pazaryerinde yaşanan hareketlilik, ziyareti çekici kılmakta, dolayısıyla Bayezıd-i Bistami Türbesi yöre halkının yaşamında özel yer tutmaktadır. Kırıkhan ise, o yıllarda derme çatma evlerden kurulu küçük bir köy görünümündedir.

Osmanlının son dönemlerinde İlçede, önce bir Nâhiye Teşkilâtı kurulmuş, İmar faaliyetleri hızlanarak, ziyaret‘te kurulmakta olan Pazar yeri Kırıkhan’a taşınmıştır. O dönemlerde Belen kazasına bağlı küçük bir nahiye olan Kırıkhan, 1924 yılında ilçe statüsü kazanmıştır. 1. Dünya Savaşı sonrası, 1918 yılında Hatay’la birlikte Fransız işgaline uğramış, yaklaşık 20 yıl ağır işgal koşullarını yaşamıştır. İşgal döneminde 1920 ve 1921 yıllarında Kırıkhan’a çok sayıda ermeni yerleştirilerek bir ermeni kolonisi haline getirilmeye çalışılmışsa da, Atatürk’ün girişimleriyle bu düşünce hayata geçirilememiştir. 18 yıl Fransız işgalinde kaldıktan sonra, 23 Temmuz 1939’da HATAY ile birlikte Anavatan’a katılarak Türkiye Cumhuriyeti yönetimine girmiştir.

Kırıkhan adının nereden geldiği konusunda birkaç görüş bulunmaktadır. Bunlardan birisi ticaretin yoğun olduğu yıllarda kervanların konaklaması için yapılmış olan 40 tane Hanın burada bulunduğudur. Başka bir görüşe göre, eski dönemlerde, Bağdat – İstanbul yol güzergâhındaki kırkıncı Han‘ın burada bulunduğu yönündedir. Diğer bir görüşe göre burada bulunan birkaç bakımsız ve kırık dökük Hanın olmasıdır. Yapılan araştırmalara göre, iki kırık dökük hanın bulunması nedeniyle buraya Kırıkhan isminin verildiğini destekler mahiyettedir.