1071 senesinde yapılan Malazgirt Savaşı'ndan önce Anadolu üzerine keşif harekâtları düzenleyen Müslüman Türkler ve Anadolu'yu tanıyan Büyük Selçuklular, bu savaş sonucu Anadolu'nun büyük bir kısmı ile birlikte Konya'yı da bir Müslüman Türk şehri yapmışlardır.
Türklerin Müslüman olduktan sonra özellikle Anadolu'ya yönelmelerindeki temel gaye Hz. Peygamber (s.a.v)’in Konstantiniyye (İstanbul)’nin fethine dair müjdelere mazhar olabilme hedefleri olmuştur. Konya'nın fethedilmesiyle birlikte kentte İslâm kültürünün etkili olduğu dönem başlamıştır.
İslâm tarihi içinde Emevîlerin Konya’ya geldikleri dönemlerde, şehrin Bizans eyaleti olarak varlığını sürdürdüğü bilinmektedir.
1071 Malazgirt zaferinden sonraki süreçte Selçuklu Sultanı Kutalmışoğlu Süleyman Şah tarafından fethedilen Konya, Anadolu Selçuklu Devletinin başkenti İznik'in 1097 yılında 1. Haçlı Seferi ile kaybedilmesi üzerine başkent yapılmıştır. Konya, bu tarihten 1307 yılına kadar aralıksız bir şekilde Anadolu Selçuklu Devletinin başkenti olmuştur.
Beyşehir ilçesi Bağırsak Boğazı mevkiinde yapılan Miryokefalon (Myriokephalon) Savaşı Selçuklu Sultanı II. Kılıçarslan ile Bizans İmparatoru I. Manuel Komnenos arasında gerçekleşmiştir. Anadolu'da Türk hâkimiyetinin kabul edildiği, Haçlılara karşı kazanılan kesin bir zaferdir. Sultan II. Kılıçarslan Miryokefalon zaferi ile Anadolu'yu bizlere kalıcı olarak vatan yapmaya vesile olmuştur. Bu zaferin anısına Karatay Müzesi civarında yapılan şehir parkına Sultan Kılıçarslar Şehir Meydanı ismi verilmiştir. Bu manaya iştirak etmek, bu manayı paylaşmak, bu mirasın sahip olduğu duyguyu buralarda hissetmek çok önemlidir. Miryokefalon Zaferi’nin yeniden anılması, gün yüzüne çıkarılması, gündeme getirilmesi amacıyla Konya'da Miryokefalon Zaferi'nin yıldönümü kutlanmaktadır.
arihin her döneminde önemli bir yerleşim merkezi olmasına rağmen Konya, gerçek kimlik ve zenginliğine Selçuklu sultanları sayesinde kavuşmuştur.
Konya, Anadolu Seçlukluları'na başkentlik yaptığı 1096-1277 yılları arasında ilim, kültür ve sanatta dönemin ünlü alimleri, filozofları, şairleri, mutasavvıfları, hoca ve diğer sanatkarları da burada toplanmışlardır. Bahaeddin Veled ve Mevlâna Celâleddin başta olmak üzere Kadı Burhaneddin, Kadı Siraceddin, Sadreddin-i Konevî, Şahabeddin Sühreverdi gibi bilginler ve Muhyiddin-i Arabî gibi mutasavvıflar Konya'ya yerleşmişler, verdikleri eserlerle şehri bir kültür merkezi hâline getirmişlerdir. "Konya'nın Altın Çağı" denilebilecek bu dönem 13. yüzyıl ortalarına kadar devam etmiştir. Bilhassa Hz. Mevlâna fikir ve felsefesi ile insanlığı aydınlatmış, Mesnevî ve Dîvân-ı Kebîr gibi eserler bırakmıştır. Yine önemli âlimlerden biri olmakla birlikte ilmî kimliği fazla öne çıkmayan Nasreddin Hoca da güldüren ve düşündüren fıkraları ile Konya'nın kültür ve sosyal hayatının gelişmesinde önemli bir rol oynamıştır. Selçuklular Dönemi Konya'sında kütüphaneler açılmış, bu dönemde din, hukuk, tarih, edebiyat, felsefe, sanat, tıp ve kozmografya alanında büyük tarihî ve kültürel atılımlar yapılmış, buna bağlı olarak kent genelinde birçok medrese, cami, kütüphane, türbe, çeşme, kale, han, hamam, çarşı, bedesten, köprü ve saray inşa edilmiştir.
Konya, 1277 tarihinde Karamanoğulları tarafından ele geçirilmiştir. Daha sonra Karamanoğulları Beyliği'nin en büyük şehri olan Konya'da, ilim ve kültür alanındaki gelişmeler devam etmiş, Ulu Arif Çelebi ve oğulları Adil ve Alim Çelebiler ile Ahmed Eflâkî ve Sarı Yakup gibi bilgin ve Mutasavvıflar yetişmiştir. Ali Gav Zaviye ve Türbesi, Kadı Mürsel Zaviye ve Türbesi, Ebu İshak Kazerunî Zaviyesi, Hasbey Dârü’l-Huffâzı, Meram Hasbey Mescidi, Şeyh Osman Rûmî Türbesi, Ali Efendi Muallimhanesi, Nasuh Bey Darü’l-Huffâzı, Turgutoğulları Türbesi, Kalenderhane Türbesi, Tursunoğlu Câmii ve Türbesi, Burhaneddin Fakih Türbesi, Siyavuş Velî Türbesi gibi tarihî ve kültürel eserler Karamanoğulları döneminde yapılmıştır.
Osmanlı padişahlarından II. Mehmet (Fatih) Karamanoğulları hâkimiyetine son verince, artık Konya bir Osmanlı şehri olmuştur (1465). Fatih Sultan Mehmed, 1470'te Devletin Rumeli (Sofya), Anadolu (Kütahya), Rûm (Tokat) Eyaletlerinden sonra 4. Eyalet olarak Karaman Eyaletini, merkezi Konya şehri olmak üzere kurmuştur. 17. yüzyılda 11 sancaklı eyalet 80.000 km2 ye yakın bir büyüklüğe ulaşmış, Tanzimat Döneminde bu eyalete Karaman yerine Konya denmeye başlanmıştır. 1910'da 102.000 km2 büyüklüğündeki Konya Eyaleti 11 ilçeli Konya Merkez, 7 ilçeli Niğde, 2 ilçeli Burdur, 5 ilçeli Teke (Antalya), 5 ilçeli Hamîd (Isparta) sancaklarına ayrılmıştır.
Konya, Doğu seferlerine çıkan Osmanlı Sultanlarından Yavuz Sultan Selim, Kanunî Sultan Süleyman ve II. Murad'ın uğrak yeri olmuştur. Konya Osmanlı İmparatorluğunun doğu ve güney seferlerinde Ordunun dinlenme ve hazırlık yeri olarak kullanılmıştır. Yavuz Sultan Selim Han, 3 kez Konya'ya uğramış ve bu ziyaretlerinde Mevlâna dergâhı tamir edilmiş, şehre içme suyu getirilmiş, nüfus ve arazi sayımı yapılmıştır.
Osmanlı döneminde Konya'da ilim, kültür ve sanat hareketleri kesintisiz olarak devam etmiş ve kent ünlü alimler, şairler, tarihçi ve filozofların toplandığı merkez olmaya devam etmiştir. Bu dönemde de mimarî yönden pek çok cami, çeşme, medrese gibi eserler inşa edilmiştir. Selimiye Câmii, Yusufağa Kütüphanesi, Piri Mehmed Paşa Câmii, Şerafettin Câmii, Kapu Câmii, Hacı Fettah Câmii, Nakiboğlu ve Aziziye Câmiileri, Şeyh Halili Türbesi ile Mevlâna Külliyesi dönemin mimarî eserlerinden bazılarıdır.
Konya, Şehzadelerin Valilik yaptığı bir Osmanlı Eyaleti olmuştur. 1648 yılında Evliya Çelebi Konya'ya gelmiş ve Seyahatnamesinde geniş bir şekilde bahsetmiştir. 1867'de büyük bir yangın, 1873'de kıtlık tehlikesiyle karşılaşılmıştır.
Osmanlının son döneminde Tanzimat Fermanı ile Konya'da da yenileşme hareketleri başlamış, ilk gazete 1869 yılında çıkarılmıştır. Şehir genelinde medreselerin yanında birçok ilkokul (İptidaî), öğretmen okulu (Darülmualimîn) ve ortaokul (Rüştiye) açılmıştır. İlk lise (idadi) 1889 yılında açılmış olup yine aynı yıllarda Konya Sanat Okulu, Vali Ferid Paşa tarafından hizmete alınmıştır. 1908'de Hukuk Fakültesi açılmıştır. 1900 yılında Konya'daki medrese sayısı ilçeler dahil 530'a ulaşmıştır. Konya, 1898'de demiryoluna kavuşmuştur.
Cumhuriyet devrinde hızla büyüyen ve gelişen Konya, Selçuklular, Karamanoğulları ve Osmanlılar döneminden kalan eserler ile bugün açık hava müzesi konumunda bir şehirdir. Dünya insanlık tarihinin en eski yerleşim merkezlerinden biri olan Konya, uzun tarihî süreç içerisinde birçok medeniyetin izlerini bünyesinde taşımaktadır.