Eski zamanlardan beri kadim medeniyetlere ev sahipliği yapmış ve her devirde önemini korumuş bir şehir olan Muğla'da ilk yerleşimlerin ne zaman başladığı hakkında kesin bir bilgi yoktur.
Bazı kaynaklara göre bölgeyle birlikte Muğla tarihi de MÖ 3.000’li yıllara kadar uzanmaktadır. Bölgeye, ilk çağlarda Karyalılar (Carialılar) yerleştiği için - MÖ 3.400 yıllarında gelen kavimlere önderlik etmiş 'Kar' isimli bir komutandan esinlenerek - Karya (Caria) adı verildiğine ilişkin tezler öne sürülmektedir.
Bazı kaynaklarda da bu bölgeye ilk yerleşenlerin Hititler olduğu, ilin bilinen tarihinin Hititler ile başladığı ve bu bölgeye Lugga adını verdiklerinden söz edilmektedir. Ancak, kentin eskiden İç Karya olarak adlandırılan bölgede yer aldığı bilinmektedir. Karya’nın MÖ 2.000'de Hititlerce (Antik Çağ'da Anadolu coğrafyasında devlet kurmuş önemli uygarlıklardan biri olanHititler veya Etiler’in MÖ 2.000 yıllarında Anadolu'ya göç ederek yerli Hatti beylikleri üzerinde hakimiyet kurdukları bilinmektedir.) de bilinen bir medeniyet olduğu da göz önüne alınırsa Muğla'da ilk yerleşimin Karyalılar’a kadar geriye gittiği söylenebilir.
Bugünkü coğrafyada kuzeyde Söke, Aydın, Nazilli üzerinden başlayıp güneyde Dalaman çayının denize döküldüğü yerde biten bölge, çağlar boyunca Karya (Caria) olarak anılmış; kuzeyde Lidya (Lydia), güneyde Likya (Lycia) ve Anadolu içlerinde de Frigya (Phrygia) hükümranlığı altındaki bölgelere komşu olmuştur.
