Tarih Öncesi Dönem
Samsun'daki yerleşim geçmişi Eski Taş Çağı'na dek uzanmaktadır.
Tekkeköy Mağaraları'nda keşfedilen ve MÖ 60.000 ile MÖ 15.000 yılları arasına tarihlendirilen katman, şimdiye dek Karadeniz Bölgesi'nde keşfedilen en eski yerleşimdir. Mağara yerleşiminde yaşayan bu insanlar topluluk bilinci gelişmemiş ve henüz üretici pozisyonuna geçmemişlerdi.
Karanlık çağların ardından MÖ 5000-3000 yılları arasında Anadolu'ya gelen ve Hattilerin bir kolu olduğu düşünülen Kaşkalar, MÖ 3500'lü yıllarda Mert Irmağı kenarında, günümüzde Dündartepe Höyüğü'nün bulunduğu yerde bir site oluşturmuşlardır. 15 m yüksekliğinde, 200 m genişliğinde ve uzunluğunda olan höyüğün kazıları sırasında en eski yerleşimin Bakır Çağı'na ait olduğu saptanmıştır. Tekkeköy Irmağı kenarında keşfedilen bir yerleşim yerindeki kazılar ise bu yerleşimin Geç Bakır Çağı ile Tunç Çağı özelliklerini taşıdığını, yerleşimde yaşayanların avcılık-toplayıcılık ile geçinip Taş Çağı aletlerini kullandığını göstermiştir ve yerleşimde herhangi bir yapıya rastlanmamıştır. Dündartepe Höyüğü ve Tekkeköy yerleşiminin yanı sıra kent çevresinde yer alan Kale Doruğu Höyüğü ve İkiztepe Höyüğü kazılarında bu yerleşimlerin köy tipinde olduğu ve küçük topluluklar tarafından kurulduğu belirlenmiştir. Ahşap evlerde oturan bu halkların avcılık, hayvancılık ve balıkçılık yaparak geçindiği; kumaş ve deri işleyebildiği; bakırdan alet, silah ve takı yapabildikleri saptanmıştır. Ayrıca yerleşim yerinin dışında keşfedilen mezarlıklarda yapılan incelemeler ölülerin kullandıkları eşyalarla birlikte gömüldüğünü ortaya çıkarmıştır.[10] İkiztepe mezarlarında yapılan incelemeler burada yaşayan halkın Kuzey Karadeniz, Romanya, Bulgaristan ve Kafkasya kıyılarında bulunan halklarla ırkdaş olduğunu kanıtlamıştır.
Hitit ve Roma Arası Dönem
Kent, Kaşkaların ardından I. Murşili tarafından fethedilerek Hitit Krallığı topraklarına katılmıştır.
Hitit döneminde özel bir durumu olmayan yerleşim yerinde Enetler adı verilen halkın yaşadığı düşünülmektedir. Bu bilgiyi Hekataios ve Zinodotos'u kaynak göstererek Homeros aktarmakla birlikte yerleşim yerinin Eneti adıyla anıldığını da eklemektedir. Strabon ise Eneti'nin Samsun değil farklı bir yerleşim yeri olduğunu, Samsun'un o dönemde Beyaz Suriyelilerin egemenliğinde bulunduğunu ve iki yerleşim yerinin Kızılırmak'ın farklı taraflarında kurulduğunu belirtmektedir.
Modern tarihçilikte varlıkları tartışmalı olan Amazonların Kuzey Anadolu'da yaşadıkları sanılmaktadır. Antik Çağ'da yaşayan oyun yazarı Eshilos, Amazonların Thermodon kıyısındaki Themiskira köyünde yaşadıklarını; tarihçi Herodot ise İskit topraklarına uzanan maceralarını aktarmaktadır. Hangi dönemde Samsun çevresine yerleştikleri bilinmeyen Amazonlar, Platon ve Sokrates'in aktardıklarına göre zamanla Batı Anadolu'ya doğru yayılmış ve Atina önlerine kadar gelmişlerdir. Herodot'un aktardıklarına göre Atina'dan dönmekte iken Amazon gemilerinin erkek gemicileri Atinalılar tarafından öldürülmüş, gemiciliği bilmeyen Amazonlar kaçarken açık denizde boğulmuş ve ülkeleri de yerli kavimler tarafından işgal edilmiştir. Antik kaynaklarca yalnız kadınlardan oluşan bir topluluk olduğu aktarılan Amazonların aslında Hititler, İskitler ya da Sarmatlar olduğunu öne süren farklı görüşler bulunmaktadır.
Kent, MÖ 1182 civarında Hitit İmparatorluğu'nun çöküşünü takiben Frigler tarafından ele geçirilmiş ve tahrip edilmiştir. Aynı dönemde Kimmerler de Doğu Karadeniz'de yer alan kentleri yakıp yıkmışlardır. Lidya Kralı Gigis Kimmerleri yenilgiye uğratıp bölgeden kovmuşsa da bu dönemde şehir harabe hâline dönüşmüştür. Bunun üzerine eski kentin güneybatısına yeni bir yerleşim kurulmuş, tarıma elverişli zengin toprakları ve artan nüfus baskısı nedeniyle MÖ 7. yüzyılda Foçalıların ve/veya Miletlilerin ilgisini çeken bölge kolonileştirilmiştir. Aralarındaki rekabet nedeniyle Lidya'nın kendisine uyguladığı düşmanca politika sonrası karayolu üzerinden ticaret hacmi azalan Milet ağırlığı denizyoluna vermiş ve özellikle Pontus bölgesinde yoğun çalışma yürüterek bölgede hızlı bir kolonizasyon politikası gütmüştür. Milet, zaman içerisinde bütün Karadeniz kıyılarına yayılan bir koloni ağı kurmuş, Samsun ilk defa bu dönemde ticari yönden örgütlenerek hızla gelişmiş ve Karadeniz kıyısındaki yaklaşık doksan kent henüz emporion seviyesini aşamamışken Samsun ticari merkez hâline gelmiştir. Şehir yaklaşık MÖ 436 yılında muhtemelen Perikles'in Pontus seferi sırasında Athinoklis kumandasındaki ordu tarafından Atinalılarca ele geçirilmiş ve adı Peiraieus yapılmıştır. MÖ 546'da ise Lidya Kralı Kroisos ile Ahameniş İmparatoru II. Kiros arasında geçen savaş sonrası Anadolu'da Grek egemenliğinin kırılması ile birlikte şehir Pers hâkimiyetine girmiştir.
Ahameniş İmparatorluğu'nu yeniden örgütlemeye girişen I. Darius döneminde kent, Kapadokya satraplığının hâkimiyet bölgesi içine alınmış ve tiran unvanı taşıyan askerî valiler tarafından yönetilmeye başlanmıştır. MÖ 331 yılında İskender'in Persleri Gaugamela Muharebesi'nde yenilgiye uğratıp Ahameniş İmparatorluğunu Makedonya topraklarına katmasıyla birlikte Samsun da Makedon hâkimiyetine girmiş, böylece kentte askerî temelli bir yönetim anlayışından tekrar demokratik yönetime dönülmüştür. Bu dönemden itibaren şehir o döneme kadar Anadolu'nun kuzeyindeki en önemli liman şehri olan Sinopi'nin bu üstünlüğünü eline geçirmeye başlamış ve Orta Asya'dan uzanan önemli bir ticaret yolu buraya bağlanır hâle gelmiştir. Orta Asya'dan Fırat'a kadar gelen mallar Mazaka-Sebastea-Komana Pontiki-Laodikea hattını takip ederek şehre ulaşmakta ve buradan denizyoluyla batıya aktarılmaktaydı.
İskender'in ölümüyle birlikte zayıflayan ve parçalanan Makedonya'dan bağımsızlığını ilân eden bölgelerden biri de I. Antiohos liderliğindeki Seleukos İmparatorluğu olmuş, Samsun MÖ 315'te bu devletin idaresi altına altına girmişse de durum uzun sürmemiş, kısa süre sonra Ariobarzanis ya da II. Mithridatis döneminde Pontus Krallığı toprakları içerisine sokulmuştur. Kral olduktan sonra önemli atılımlar yapan ve Kırım'a kadar krallık topraklarını genişleten VI. Mithridatis'in döneminde kraliyet ikâmetgâhı olarak kullanılan Samsun önemli bir gelişme göstermiş, geniş bir imar hareketi başlamış Eupatoria adıyla yeni bir mahalle kurulmuştur. VI. Mithridatis, MÖ 85 yılında Roma Cumhuriyeti'ne saldırmış, beş yıl süren savaş boyunca tanınmış Romalı generallerden Lucius Cornelius Sulla, Lucius Licinius Lucullus ve Gnaeus Pompeius Magnus'a karşı zaferler kazanmıştır. MÖ 63 yılında Lucullus lejyonlarıyla Amisos, Sinopi ve Trebizond'u ele geçirmiş; Pompeius ise VI. Mithridatis'in üzerine yürümüş ve kesin bir zafer kazanmıştır. Lucullus tarafından ele geçirilen şehir bir gün boyunca yağma edilse de bütünüyle yıkılmaktan kurtarılarak kısmen de olsa tamirat görmüş ve Bitinya ve Pontus eyaletine bağlanmıştır.