URFA’DA EYYUBİLER DEVRİ (1182–1260)
Sultan Salahaddin Eyyubî (saltanatı.1174–1193), Haçlılarla mücadele etmek niyetinde olduğundan, Urfa, Harran ve Rakka gibi sınır şehirlerini ele geçirmek istiyordu. 1182 tarihinde de Urfa’yı ve diğer şehirleri çetin bir savaştan sonra Zengilerden aldı. Harran 1182 yılında Eyyubilerin hâkimiyetine girdiğinde Sultan Salahaddin Harran’ı el-Cezire ve Musul bölgelerinin zaptında üs olarak kullandı. Anadolu Selçuklularının Harran ve Urfa’yı kuşatması başarısız olunca, Eyyubi hükümdarı Salih Necmeddin 1236 senesinde Urfa ve Harran’ı kendisine yardım eden ve o tarihlerde Moğolların önünden kaçarak Anadolu’ya gelen Harezmlilere bıraktı. Harezmlerin halka kötü davranışı üzerine, 1241’de Halep Eyyubi hükümdarı Melik Nasır Salahaddin Urfa ve çevresine saldırarak buraları zaptetti.

Bu şekilde Anadolu ve Suriye bölgesinde bulunan İslam devletleri birbirleriyle uğraşırken büyük tehlike de kendilerine yaklaşıyor ve bütün İslam dünyasını tehdit ediyordu. Nihayet Urfa ve çevresi 1244 senesinde Moğolların öncü birlikleri olan Tatarların saldırısına uğradı.

İslam dünyasının üzerine bir kâbus gibi çöken Moğollar, nihayet 1259–60 senesinde Urfa’yı da alarak Eyubilerin hâkimiyetine son verdiler. Böylece Eyyubilerin 75 yıl kadar süren Urfa’daki hâkimiyetleri son bulmuş oldu.

URFA’DA MISIR MEMLUKLERİ DEVRİ
1300’lü tarihlerde Urfa dâhil el-Cezire bölgesinin büyük bir kısmı Mısır Memluklerinin kontrolüne geçmişti. Urfa’nın 1365–70 yıllarında memluklerin hâkimiyetinde olduğu kabul edilmektedir. XIV. Yüzyıl ikinci yarısında ve XV. Yüzyıl başlarında Urfa Memluklar, Karakoyunlular ve Akkoyunlular arasında devamlı el değiştirmiştir. Ayrıca Memlüklüler Harran kalesini de elden geçirmişler ve bazı onarımda bulunuşlardı.

URFA’DA KARAKOYUNLULAR DEVRİ
1362 tarihlerinde Urfa ve çevresinde Şii olan Karakoyunlular hâkim olmuşlar ve bu bölgede bir müddet hâkimiyetlerini sürdürmüşlerdir. 1300’ler önce Moğollar Anadolunun çeşitli bölgelerini yakıp yıktı. 1300’lü yıllarından sonra Urfa, bu defa da Timurluların saldırısına uğradı. 1387’de Anadolu içlerine giren Timur Han (ölüm 1405), birkaç defa Urfa’ya saldırarak birçok yeri tahrip etmiştir. Timur Han, Suriye seferi dönüşü Birecik’i sulh yoluyla Urfa’yı ise savaşarak topraklarına kattı. 1400 senelerinde ise Urfa adeta yeniden imar edilmiştir. Urfa, XIV. Yüzyılda Döger emiri Dımaşk Hocanın (ölüm.1404) hâkimiyeti altında idi.

URFA’DA AKKOYUNLULAR DEVRİ
1404 tarihinde Akkoyunlu hükümdarı Karayülük Osman Bey (ö.1435) Urfa’yı 1432 yılında zapt etti. Akkoyunlular zamanında bir ara Mısır askerlerinin saldırısına uğrayan Urfa, oldukça tahrip edilmiştir. 1457’de kardeşi Cihangir Mirza’nın elinden hâkimiyeti alan Uzun Hasan Akkoyunlu hükümdarı oldu. Uzun Hasan Urfa ve Diyarbakır şehirlerinden dolayı Mısır Memluk devletiyle arada bir mücadele eder ve bazen de barış yapardı. O zamana kadar hükümet merkezi Diyarbakır iken, devletin büyümesinden sonra Tebriz’e taşıdı.

URFA’DA SAFEVÎLER DEVRİ
Urfa, 1514 tarihinde Safevi hükümdarı Şah İsmail’in valisi Eçe Sultan Kaçar’ın elinde bulunuyordu. Sünni mezhebinde olan Urfalılar, Şii mezhebinde olan Safevilerin baskısına tahammül etmek zorunda kalıyorlardı. Safeviler bilhassa Sünni âlimlere çok baskı yapıyorlardı. Şah İsmail Diyarbakır ve Urfa’da birçok âlimi Sünni oldukları için öldürtmüştü. Osmanlı Padişahı Yavuz Sultan Selim Han, 1514’te İran seferi sırasında Akkoyunlu şehzadelerinden Osmanlıya sığınmış olan Murat Bey (ö.1514) komutasında bir kuvvet göndererek Diyarbakır’ı zapt etmek istemişti. Fakat o sırada Urfa valisi olan Eçe Sultan Kaçar, bu kuvveti bozmuştu. Böylece Urfa bir müddet daha Safevilerin elinde kalmıştı. Bu tarihlerde İbrahim Gülşenî (1426–1534) adındaki Halveti-Gülşeni tarikatı şeyhi de Diyarbakır’da bulunuyordu. Şah İsmail’in baskısı üzerine Urfa’ya uğramış fakat bu baskıya dayanamayarak Mısır’a gitmek zorunda kalmıştır.

OSMANLI İDARESİNDE URFA
XVI. yüzyıl başlarında Mısır devletine bağlı olan Urfa, 5 Nisan 1517 tarihinde Osmanlı sultanı Yavuz Sultan Selim (1512–1520) tarafından alındı. Önce Urfa sancak olarak Diyarbakır eyaletine bağlandı. İlk valisi de Piri Bey oldu. Kanuni Sultan Süleyman (1520–1566) Bağdat seferi sırasında Halep’e geçerken Urfa’ya uğramış ve iki gün Urfa’da kalmıştır. Sultan IV. Murat da Bağdat seferine giderken Urfa’ya da uğramıştır. Evliya Çelebi’nin bildirdiğine göre 17. yüzyılda Urfa üç tuğlu paşalar tarafından idare edilmekte olup, dört mezhebe göre fetva veren bilgili kadılara sahipti. Urfa, Osmanlı idaresine geçmesinden sonra Sultan III. Mehmet (1595–1603) devrinde Celali isyanları sırasında 1599’da ve Sultan II. Mahmut (1808–1839) devrinde Mısır valisi Kavalalı Mehmet Ali Paşa isyanı sırasında 1833-1839 yılları arasında Osmanlı idaresinden geçici olarak çıksada Osmanlı ile bağı hiç kopmayan bir şehir olmuştur. Cumhuriyetin ilanına kadar Osmanlı devletinin idaresinde bir sancak olarak kalmış ve sancak beyi tarafından idare edilmiştir.

Urfa 1865 yılına kadar Rakka eyaletinin merkezi olarak yaşamıştır. Bu sırda eyalet paşası Urfa’da otururdu. Bu vali paşalar, Urfa’da saraylar, camiler, medreseler, hamamlar gibi imarlarda bulunurlardı. Dolayısıyla Urfa mamur bir şehir olmuştur. Fakat Urfa, 1865’de sancak olarak Halep eyaletine bağlanınca sadece mutasarrıf Urfa’da oturur oldu. Bu yüzden de Urfa eski mamuriyetini ve değerini kaybetti. Zamanla sönükleşmeye başladı.

CUMHURİYET DEVRİNDE URFA
Birinci Dünya Savaşında Osmanlı Devleti mağlup olmuştu. Osmanlı Devletinin bir bağımsız sancağı olan Urfa da Mondros mütarekesini takip eden günlerde 24 Mart 1919 senesinde İngilizlerin işgaline uğramıştı. 1919 senesinde Urfa 80.000 nufuslu idi. İyi bir araba yolu vardı ve şehir çok iyi inşa edilmiş güzel bir şehirdi. Sokakları döşeliydi ve iyi ve çok kullanışlı bir su sistemi de vardı. İşgalcilerin gelişi ile gerek Müslüman ve gerekse Hıristiyan Urfalılar işgal kuvvetlerinin baskısı altında kalmıştı. Altı ay kadar sonra İngilizler şehri Fransızlara bırakmışlardı. İngilizlerin Urfa’dan ayrılışı ile 30 Ekim 1919’da da Fransızlar Urfa’yı işgal ettiler. Urfanın işgal edilmesi üzerine bütün Anadolu’da olduğu gibi Urfa da işgalcilere karşı kurtuluş mücadelesine girişti. Bu arada Fransızların tahriklerine kapılan ve onlardan kuvvet alan Urfa’nın Ermeni Hıristiyanlarının bir bölümü de Fransızlarla bir olarak yıllarca beraber yaşadıkları Urfa Müslümanları ile savaşmaya başladılar. Urfa Çetelerinin mücadelesi ile 11 Nisan 1920’de urfa Fransızlardan resmen temizlendi ve Türkiye Cumhuriyetine bağlandı. Bunun üzerine şehirdeki Hıristiyan halk Suriye’ye göç