Millî Mücadele Sırasında
I. Dünya Savaşı'ndan yenilgiyle çıkan Osmanlı İmparatorluğu'nun imzaladığı Mondros Mütarekesi ülkenin her yanını işgale açık hâle getirmiştir.
Mütarekeyi takip eden süreçte Osmanlı hükûmeti toplumsal huzuru ve toprak bütünlüğünü yeniden sağlama siyasetini yürütmek isterken Karadenizli Rumlar ise katliam ile karşı karşıya olduklarını iddia edip toprak talep ediyorlardı. Rumların bu siyasi çalışmaları Batı dünyasında etkili olmuş ve Anadolu'daki Rum ve Ermenilerin yardıma muhtaç olduğu algısını yaratmış; Yunanistan Krallığı, Karadeniz'deki asayiş sorununu gerekçe göstererek bölgenin işgal edilmesini talep etmiştir. Bunun üzerine Karadeniz kıyılarında asayişten sorumlu olan Britanya İmparatorluğu üç, Fransız Cumhuriyeti bir savaş gemisi göndererek mutasarrıftan bilgi almışlardır.
I. Dünya Savaşı öncesinde ve sırasında da Türk köylerine saldırılarda bulunan Rumlar, Megali İdea ülküsünü gerçekleştirmek adına Millî Mücadele sürerken de bu saldırılarına devam etmişlerdir. Kent çıkışları silahlı çeteler tarafından tutuluyor, kent yakınlarından yaylım ateşleri açılıyor, Hamdi Paşa Çiftliği'nin yanındaki Rum mezarlığından her gece silahlar atılıyor; buna karşın Türkler ise "gâvur azması" olarak adlandırdıkları bu saldırılardan korunmak için silahla nöbet tutuyorlardı. 1918'in Nisan ayında Germanos Karavengelis, çete liderlerini toplayarak her birine çeşitli sorumluluk bölgeleri vermiş ve çeteler daha sistemli olarak faaliyetlerini sürdürmüşlerdir. Yol kesmek, köy basmak, fidye toplamak, postaları soymak gibi çeşitli yöntemlerle çalışan çeteler ayrıca kazığa oturtma, kasatura ile karın yarma gibi işkence biçimlerini de kullanmaktaydı.
9 Mart 1919 tarihinde 15. Tümen Kumandanı Mustafa Asım Bey ve Samsun Mutasarrıfı İbrahim Ethem Bey'in şehirde sıkıyönetim ilân etmesiyle 200 kişilik Britanya askerî müfrezesi tarafından Mondros Mütarekesi şartları gerekçe gösterilerek şehir işgal edilmiştir. Rumlar tarafından sevinçle karşılanan işgal kuvvetleri İlyasköy'deki sekiz kışlaya yerleşmiş, daha sonra gelen 150 kişilik Avustralya ve Yeni Zelanda Kolordusu kuvvetlerinin bir kısmı kışlaya bir kısmı ise Samsun Sultânîsi binasına yerleşmiştir. Rum çetelerinin baskınları ve işgal kuvvetlerinin kışlaları doldurması dolayısıyla 15. Tümen'e bağlı erlerden bir kısmı kaçmış, çoğu ise terhis edildiğinden dolayı Samsun'daki tümenin mevcudu dörtte üç oranında azalmıştır. 1 Şubat 1920'de halk Samsun Şehremaneti önünde toplanarak işgalleri protesto etmekte iken aynı sırada kara birliklerine ek olarak Amerikan savaş gemilerinin Samsun Limanı'na yanaşmasını kutlayan Rumlar şehremanet binasını işgal etmiş, olaylar büyümüştür.
30 Nisan 1919'da 9. Ordu müfettişliğine atanan Ferîk-i Sânî Mustafa Kemal, 19 Mayıs günü Samsun'a ulaşmıştır. Görevinin gereklerini yerine getirmeye koyulan Mustafa Kemal bazı incelemelerde bulunmuş; bu incelemeler sonucunda Rum çetelerinin Müslüman halka saldırdığı, yerel yöneticilerinse dış devletlerin de duruma karışmasıyla bu olaylara müdahale edemediği kanısına varmıştır. Bunun üzerine Canik mutasarrıfını görevden alarak yenisini atamış ve bölgede oluşan karışıklıklara yabancı askerlere aldırmaksızın doğrudan müdahale etmesini emretmiştir.
Mustafa Kemal'in Samsun'dan ayrıldıktan sonra başkanlık ettiği Erzurum Kongresi ve Sivas Kongresi'nin ortaya koyduğu millî heyecan Samsun'da da etkisini göstermiş ve Samsun Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti kurulmuştur. Daha öncesinde Cemiyyet-i Hayriyye-i İslâmiyye, İhtiyat-ı Zâbitan Cemiyeti, Karadeniz Türkleri Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti ve Oymak Teşkilâtı adında cemiyetler kurulmuş olsa da etkili olamamışlar, bunların arasından yalnızca Oymak Teşkilâtı kayda değer çalışmalar yapabilmiştir.
7 Mayıs 1920'de Samsun'a gelen Şefik Avni Paşa 15. Tümen kumandanlığını üstlenmiş ve Büyük Millet Meclisinin yardımlarıyla tümen yeniden silahlandırılmıştır. 10 Temmuz 1920'de kurulan Umûr-ı Bahriye Şubesine bağlı olarak Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi kurulmuş ve Rum çetelerine karşı mücadele etmeye başlamış, 1920'nin sonlarına doğru giderek büyüyen müfreze tam kadrolu bir tabur haline gelmiştir. Rum çeteleri ile Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesinin şiddetli çatışmalara girdiği 1921 ilkbaharında Türk çete lideri Topal Osman da Samsun'a gelmiştir. Britanya ve Fransa güçlerinin şehirden çekilmesiyle birlikte Rum çetelerine karşı Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi, Topal Osman ve 15. Tümen büyük bir karşı saldırı başlatarak Türk köylerine saldıran çetelere büyük darbe vurmuşlardır. 15. Tümen'in 17 Mayıs 1921 tarihinde batı cephesine hareket etmesi üzerine Samsun'da 10. Tümen oluşturulmuş, vekil olarak Samsun Askerlik Dairesi Başkanı Kaymakam İsmail Hakkı Bey atanmıştır. İsmail Hakkı döneminde de Rum çeteleri ile çatışmalar devam etmiş, ardından Cemil Cahit Bey tarafından devralınan tümen onun döneminde Samsun çevresindeki Rum çetelerini büyük oranda imha etmiştir. Rum çetelerinin çoğunun yok edilmesinden ve dağıtılmasından sonra Samsun İstiklâl Mahkemesi yargılamalara başlamış, 79 kişi idama, beş kişi 15 sene bir kişi ise beş sene küreğe, 17 kişi seferberlik sonuna kadar bir kişi de 10 sene hapis cezasına mahkûm edilmiştir.
Samsun Müdâfaa-i Hukuk Cemiyeti, kentte tehlikenin sona ermesiyle birlikte 30 Ağustos 1921'de Saathane Meydanı'nda miting düzenlemiştir. Mevcut durum hakkında konuşmalar ile bilgilendirmelerin yapıldığı miting müftünün duasıyla sona ermiş ve Ankara Hükûmetine bağlılık telgrafı çekilmesi kararı alınmıştır. 6 Ocak 1922'de ise Samsun Türk Ortodoks Cemiyeti Ruhani Lideri Papa Atnas tarafından Samsun'a davet edilen Türk Ortodoksları Ruhani Lideri Papa Eftim'in de katılımıyla bir bildiri okunmuş ve Türk Ortodokslarının Ankara'ya bağlılığı açıklanmıştır. Aynı yıl Samsun Ermenileri de bir bildiri ile İstanbul Ermeni Patrikhanesi ile ilişkilerini kestiklerini ve Ankara'ya bağlı olduklarını duyurmuşlardır.
Ellerindeki birkaç küçük gemiyle Sovyetler Birliği'nden silah ve cephane getirmeye çalışan Türk denizcileri, Yunan avcı botları ve savaş gemileriyle baş etmekte zorlanmakta, daha büyük gemilere ihtiyaç duymaktaydılar. Bu sorunu bertaraf etmek maksadıyla Trabzon Nakliyat-ı Bahriye Kumandanı Fahri Bey'in plânı doğrultusunda, Yunanların Karadeniz'deki büyük ticaret gemilerinden birinin ele geçirilmesine karar verilmiştir. Plâna göre Sovyetlerin Novorossiysk Limanı'nda yükleme yapan Enosis kargo gemisi yola çıktıktan sonra iki küçük Türk gambotu tarafından durdurulup el konularak gizlice Trabzon'a getirilecekti. Plân 26 Nisan 1922 akşamı hayata geçirilmiş, birkaç saat süren kovalamacadan sonra Enosis, içindeki 500 bin liralık malzeme ve altınlarla birlikte ele geçirilerek Trabzon adıyla Türk nakliye filosuna katılmıştır. O güne kadar yalnızca taşımacılık yapan Karadeniz'deki Kuvâ-yi Milliyeci denizciler, bu harekatla ticari gemiler yoluyla Yunan güçlerine darbe vurmaya başlamışlardır. Yunanlar ise misilleme olarak Samsun Bombardımanı'nı plânlamışlardır.
7 Haziran 1922 tarihinde sabaha karşı Georgios Averof ve Kilkis zırhlıları, panter sınıfı iki muhrip, iki yardımcı kruvazör ve dört küçük mayın tarayıcı gemiyle Yunan filosu Samsun açıklarına gelmiştir. Savunma önlemleri alan Samsun Bahriye Muhafız Müfrezesi ve 10. Tümen siperlere cephane yığmaya başlamış, sahile topçu bataryaları yerleştirilmiştir.Yunanlar saat 10.00 civarında gözlemci sıfatıyla Samsun Limanı'nda demirli olan Amerikan gemilerine Samsun Mutasarrıfı Faik Bey'e verilmek üzere protesto mektubu vermiş, mektup mutasarrıfa ulaştırılmıştır. Protestoda Samsun'un askerî üs haline getirildiği ve kent özelliğini kaybettiği belirtilerek şehrin teslim edilmesi istenmiştir. Ankara Hükûmeti ile yapılan telgraflaşma sonucunda bu istek reddedilmiş, Samsun'un açık bir şehir olduğu ve bombalanamayacağı şayet bombalanırsa tüm sorumluluğun Yunanistan Krallığı'na ait olacağı cevabı verilmiştir. 15.30'da hükûmet konağı, kıyıdaki ambarlar ve deniz araçları, kentin batısındaki Rus petrol tankları ile Amerikalı ve Hollandalı tüccarlara ait tütün depoları hedef alınarak bombardıman başlamış, Türk tabyaları ise sahildeki topçu bataryaları ile cevap vermiştir. İki saat süren bombardıman sırasında Yunan gemileri 500'den fazla mermi kullanmış, dört asker ölmüş ve üç asker de yaralanmıştır. Ayrıca 4.170 teneke petrol, 68.368 kg benzin, 900 kilogram ispirto ile askerî yiyecek ambarı yanmış; 48 ev, üç dükkân, hükûmet konağı, gümrük binası, Canik Surp Nigoğayos Ermeni Kilisesi ve yetimhânesi yıkılmış, sahildeki 16 balıkçı teknesi hasar görmüştür. İki saat sonunda Georgios Averof zırhlısının çekilmesiyle birlikte diğer gemiler de çekilmiş ve bölgeyi terk etmişlerdir.
Bombardımandan sonra toplanan Türkiye Büyük Millet Meclisi 12 Haziran ve 16 Haziran 1922 tarihli toplantıları sonucu bütün Karadeniz sahilini savaş alanı ilân ederek bölgedeki Rumların tehcirine karar vermiş ve 1921'den beri uygulanan Samsun tehcirleri adı verilen zorunlu göçler sistematik hâle gelmiştir. Samsun'daki Rum çeteciliğinin önde gelen ailelerinden Yelkencioğulları, Andavallıoğulları ve Enfiyecioğullarına ek olarak varlıklı Rumların Dâhiliye Vekâletinin gözetiminde İstanbul'a göçmelerine izin verilmiştir. Ardından 10. Tümen kumandanı olarak atanan Miralay Veysel Bey döneminde Rum çetelerini organize eden idareciler yakalanmış, Veysel Bey'in batı cephesine atanmasıyla yerine Mustafa Bey geçmiş ve kalan az sayıdaki Rum çetelerine karşı onun döneminde büyük başarılar sağlanmıştır. 10. Tümen Tugay Kumandanı Kurmay Kaymakam Hafız Zühtü Bey'in de Çarşamba ve Ünye civarındaki çeteleri temizlemesiyle Samsun ve yöresi Rum çetelerinden tamamen temizlenmiştir. Türk zaferiyle birlikte Megali İdea ülküsü tarihe karışmış, batı cephesindeki 15. Tümen Samsun'a dönmüş ve 10. Tümen dağıtılmıştır.
Türkiye Dönemi
Osmanlı döneminde ve cumhuriyetin ilk aylarında yaklaşık olarak günümüz Samsun il sınırlarını kapsayan idari birim Canik adıyla bir sancak, sancağın merkezi ise Samsun kazasıydı.
Millî Mücadele'nin sonlanması ve Türkiye Cumhuriyeti'nin ilânı ile Türkiye sınırları içerisinde kalan Canik de sancak ve mutasarrıflıkların il yapılmaları üzerine Samsun adıyla il statüsü kazanmıştır. 1923 mübadelesi ile şehirdeki Rumlar Yunanistan'a göç etmiş, Rumlardan boşalan yerler ise mübadillere tahsis edilmiştir. Günümüzde Yunanistan'ın Üşekderebelediyesine bağlı Yeni Amisos, Preveze iline bağlı Yeni Samsun adında yerleşim yerleri bulunmaktadır.
Cumhuriyetle birlikte il olan Samsun il merkezi hâricinde Bafra, Çarşamba, Havza, Terme ile Vezirköprü olmak üzere beş farklı ilçeye bölünmüştür. Cumhuriyet öncesinde de var olan bu idari birimler dışında ilk olarak 1 Haziran 1928 tarihinde Ladik'in ilçe yapılmasıyla Samsun'daki ilçe sayısı altıya yükselmiş; 1934'te Kavak, 1944'te de Alaçam ilçelerinin kurulmasıyla şehirdeki toplam ilçe sayısı sekiz olmuştur. 19 Haziran 1983 tarihinde kabul edilen 3392 numaralı kanun ile de Salıpazarı, Asarcık, Ondokuzmayıs ve Tekkeköy ilçeleri kurulmuştur. 9 Mayıs 1990'da kabul edilen 3644 numaralı kanunla ise Ayvacık ve Yakakent adında iki ilçe daha kurulmuştur. 2 Eylül 1993 tarihinde kabul edilen 504 numaralı kanun hükmünde kararname ile büyükşehir belediyesi kapsamına alınan Samsun'un merkez ilçesi de büyükşehir ilçesi statüsü almıştır. 6 Mart 2008'de 5747 numaralı kanun ile Atakent, Kurupelit, Altınkum, Çatalçam ve Taflan beldelerinin birleşerek Atakum beldesine katılmasıyla Atakum; Gazi ve Yeşilkent beldelerinin İlkadım'a katılmasıyla İlkadım adında bir ilçe kurulması ve Canik beldesinin de ilçe yapılması karara bağlanmıştır. Bu değişiklik ile büyükşehir ilçeleri Atakum, İlkadım, Canik, Tekkeköy olarak belirlenmiştir. 2012 yılında çıkarılan 6360 sayılı kanun ile de 2014 Türkiye yerel seçimlerinin ardından büyükşehir belediyesinin sınırları il mülki sınırları ile eşitlenmiş, merkez ilçe kavramı kaldırılmıştır. İlçelerin ardından gelen alt idari birim mahalle olup mevcûden il genelindeki 17 ilçeye bağlı olarak toplam 1.247 mahalle bulunmaktadır.
Cumhuriyetin ilk yıllarından 1950'li yıllara kadar demiryolu atılımı yapılan Samsun'da bu yıllarda karayolu ağına öncelik verilmeye başlanmıştır. 1928'de elektrik santralinin hizmete başladığı şehrin merkezî su şebekesine kavuşması 1929 yılını bulmuş, ilk doğalgaz ise 2005 yılında verilmiştir.