Roma ve Bizans DönemleriBabası VI. Mithridatis'e karşı ayaklanarak tahtı ele geçiren II. Farnakis bunun karşılığında "Roma'nın dostu ve müttefiki" sıfatıyla Pontus kralı olarak tanınmış ve krallık Roma'ya bağlı olarak yaşamaya devam etmiştir.
Samsun MÖ 48 sonlarına doğru Gnaeus Pompeius Magnus ve Jül Sezar'ın arasındaki çekişmeyi fırsat bilen II. Farnakis tarafından kuşatılmış, Roma'ya sadık kalmak isteyen kent dirense de düşmüş ve halk Pontus ordusunca kılıçtan geçirilmiştir. Bir yıl sonra Zela Muharebesi'nde Sezar komutasındaki Roma ordusu II. Farnakis'in başında bulunduğu Pontus ordusu ile karşı karşıya gelmiş, savaştan zaferle çıkan Sezar ünlü veni, vidi, vici sözünü yazdığı bir mektubu başkent Roma'ya göndermiştir. Samsun ise Roma Cumhuriyeti'ne olan bağlılığından dolayı hür şehir olarak tanımlanmış ve vergiden bağımsız, kendi kendini yöneten bir kent olarak devlete bağlanmıştır. Şehir aynı zamanda bu dönemde önemli bir liman kenti olma özelliği göstermekteydi.
Jül Sezar'ın suikaste uğramasının ardından kurulan ikinci triumvirlik döneminde Marcus Antonius'un hâkimiyet sahasında kalan ve Pontus Polemoniacus eyaletine bağlanan şehri yöneten Straton adındaki "zalim bir vali"den bahseden kaynaklar bu noktada farklı anlatımlar sunmaktadırlar. Strabon, şehrin 30 yılında Aktium Muharebesi'nde Antonius'un yaşadığı hezimeti takiben Augustus tarafından Straton'un yönetiminden kurtarıldığını belirtmekte, Joseph Hilarius Eckhel ise valinin daha öncesinde 33 yılında Antonius tarafından şehirden kovulduğunu savunmaktadır. William Mitchell Ramsay ise Diadumenianus zamanında basılan bir sikkeden hareketle 31 yılını şehrin Straton'dan kurtarıldığı yıl olarak vermektedir. Warwick William Wroth da yine bir sikkeye dayanarak aynı olayı 35 yılına isnat ettirmektedir. Olayın miladi takvime göre gerçekleştiği yıl farklı kaynaklarca farklı şekillerde değerlendirilmekle birlikte şehirliler bu olayı takvim başlangıcı olarak kabul ederek o yılı 1 olarak tarihlendirmişlerdir.
Augustus tarafından tekrar serbest şehir ve Roma'nın müttefiki olarak ilân edilerek Missos adıyla anılmaya başlanan şehir sonraları Galatya eyaletine bağlanmıştır. 111-113 yılları arasında Samsun valisi olan olan Plinius'un İmparator Trajan'a yazdığı mektuptan şehrin yerel bir meclis tarafından kendi yasalarıyla yönetildiği öğrenilmektedir. Samsun, 2. yüzyılın sonlarından itibaren hür şehir imtiyazını yavaş yavaş kaybetmeye başlamış olup merkezî yönetime daha bağlı bir yönetim anlayışı gelişmiştir.
Geleneksel anlatıma göre Andreas'ın bizzat ziyaret ettiği şehir henüz 1. yüzyılda Hristiyanlaşmış; 303-305 yıllarında Diocletianus'un imparatorluğu sürerken bu dinin takipçilerine yönelik zulümler diğer yerlerde olduğu gibi Samsun'da da kendini göstermiş, Galerius'un iktidarında da bu durum sürmüştür. Bu durum Roma İmparatorluğu'nun 395'te bölünmesiyle birlikte sona ermiş, doğu topraklarına hükmeden ve resmî din olarak Hristiyanlığı benimseyen Bizans İmparatorluğu'nun hâkimiyet bölgesinde kalan Samsun Hristiyan bir şehir olarak varlığını sürdürmüştür.
İeroklis'in 6. yüzyıla tarihlenen Sinekdimos adlı eserinde Samsun, Pontiki piskoposluğunun Helenopontos eyaletine bağlı bir sahil kasabası olarak tanımlanmaktadır. I. Justinianus dönemiyle birlikte Armeniakon eyaletine bağlanan şehir, Orta Bizans döneminde Paflagonya ile Armeniakon themalarının kuzey sınırını oluşturmaktaydı. Geniş hinterlandı, iç kısımlardan gelen tahıl ürünleri ve bol zeytin hasadı nedeniyle Konstantinopolis ile Kırım arasında bir ara liman görünümünde olan şehir ayrıca Pontos Polimoniakos eyaleti ile yapılan denizyolu ticaretinin üssü olarak önemli liman kenti konumunu korumuştur. VII. Konstantinos'un kaleme aldığı eserdeHersonisos'un Samsun limanından gelen ürünler olmadığı sürece ayakta kalamayacağı aktarılmaktadır.
Bir ara Mutasım'ın emriyle 863 yılında Malatya Emiri Ömer bin Abdullah şehri ele geçirilip yağmalasa da şehir tekrar Bizans hâkimiyetine girmiştir. Amisos, 9. yüzyılın ikinci yarısında, 10. yüzyıl boyunca kommerkion ve ihracat merkezi olarak kalmıştır. Tarihî Grek şehri olan Amisos 11. yüzyılın ikinci yarısında Türklerin Küçük Asya'ya girmesi ile yoğun Ermeni göçü almış, 13. yüzyılın ilk çeyreğinden itibaren anlaşma ile Ceneviz Cumhuriyeti egemenliğine bırakılmıştır. Bu dönemden itibaren kent bir ticaret kolonisi olarak yaşamaya devam etmiştir.
Osmanlı Dönemi
Osmanlı egemenliğinde geçen 15., 16. ve 17. yüzyıllarda önemsiz bir iskele kentine dönüşen Samsun, bu dönemlerde çevre bataklıklarda imâl edilen kendir ve halatlar ile savaşlarda orduya erzak yardımı yapması dışında unutulmuş bir kent görünümündeydi.
Bu nedenle de birçok kez eşkıya saldırılarına maruz kalmıştır. Küçük Kaynarca Antlaşması ile Kırım Hanlığı Osmanlı İmparatorluğu'nun elinden çıkınca Karadeniz'deki Osmanlı hâkimiyeti son bulduğundan şehrin ticareti de iyice gerilemiştir. Şehir bu dönemde Rum eyaletine bağlı iken buradan ayrılıp Trabzon eyaletine bağlanmıştır. Osmanlı devrindeki en zor zamanlarını 17. yüzyılda yaşayan şehir, III. Mehmed'in saltanatı sırasında Kazakların saldırısına uğramış, büyük zarar görmüştür. Zamanla halkın kenti terk etmesiyle Samsun nüfusu 1642 ve 1643 yıllarında köy düzeyine kadar inmiştir.
1774 yılında Canik muhassıllığına atanan Canikli Ali Paşa'nın ailesi 1808 yılına dek bölgeye hâkim olmuştur. III. Selim'in son dönemlerinde muhassıl olarak atanan Hazinedar Süleyman Ağa'nın ailesi ise 19. yüzyıl ortalarına kadar Canik ve dolayısıyla Samsun'da söz sahibi olmuşlardır. Bu dönemden sonra ise Samsun'a aralarında Ziya Paşa'nın da bulunduğu mutasarrıflar atanmaya başlamıştır.
19. yüzyıl ortalarından itibaren Samsun, tütün ekiminin yaygınlaşması ve buharlı gemi ticaretinin Karadeniz'de de başlaması ile tekrar gelişmeye başlamıştır. Şehrin ticari ve ekonomik potansiyeline bağlı olarak nüfusu da günbegün artmıştır. Trabzon ve Ege kıyılarından Türklerin, İç Anadolu'daki Rumlar ile Ermenilerin ve Avrupalı tüccarların şehre yerleşmeye başlaması, Kafkasya göçmenlerinin Samsun'a yerleştirilmeleri gibi etmenler nüfus gelişiminde etkili olmuştur. Karadeniz kıyısının önemli transit limanlarından biri konumuna gelen Samsun zengin bir ticaret kenti görünümüne girmiş, 1869 yılında çıkan büyük yangın ile şehrin neredeyse tamamı yansa da Fransız bir mimara yaptırılan plânlama neticesinde plânlı bir şekilde yeniden imar edilmiştir. 1893 yılında tamamlanan nüfus sayımınagöre 67.624 olan şehir nüfusunun %49.4'ünü Müslümanlar, %48.6'sını Rumlar, kalan %2'yi ise Ermeni, Bulgar ve Yahudiler oluşturmaktaydı.18. yüzyılda gelişen ve Bizans İmparatorluğu'nun hâkim olduğu sahalarda hâkimiyet sağlanarak bir Helen imparatorluğunun kurulmasını öngören Megali İdea ülküsü İkinci Meşrutiyetsonrasında siyasi boyut kazanmış, Birinci Balkan Savaşı sırasında gelişmiş, 1914 yılında I. Dünya Savaşı'nın başlamasıyla da eyleme dönüşmüştür. Megali İdea'nın somutlaştırılması yolunda yerel çeteler vasıtasıyla mücadeleye Samsun'da ilk defa Amasya Metropoliti Germanos Karavangelis'in 1908'de örgütlediği Rum çetelerinin faaliyetleriyle birlikte rastlanmaktadır. Bu çeteler küçük gruplar hâlinde Türk köylerine baskın düzenleme ve yol kesme metotlarını kullanmaktaydı. Rumlar Megali İdea yolunda yalnızca silahlı mücadeleye girmemiş, ekonomik alanda da çalışmalarını sürdürmüşlerdir. Ekonomik açıdan şehrin güçlü tarafı olan Rumlar, dönemin Samsun Şehremini Papasoğlu Yorgaki Efendi'nin de desteğiyle çeşitli yollarla Türklerin elindeki tütün tarlalarına el koymuş, satın almış ya da tefecilik yoluyla ele geçirmişlerdir. O dönem Samsun Şehremaneti meclisinin yönetim kurulu yedi Rum, bir Türk; Samsun Ticaret Odasının yönetim kurulu dört Rum, üç Ermeni, bir Türk; Samsun Ziraat Meclisinin yönetim kurulu ise altı Rum ve iki Türk'ten oluşmaktaydı.
20. yüzyılda Avrupa'daki kutuplaşmalar sonunda İttifak Devletleri içerisinde yer alan Osmanlı İmparatorluğu 14 Kasım 1914'te İtilaf Devletlerine karşı savaş girmiştir. 28 Mayıs ve 10 Haziran 1915'te İtilaf Devletleri safında bulunan Rus İmparatorluğu Karadeniz kıyısındaki diğer Osmanlı liman kentleriyle birlikte Samsun'u da bombalamış, bu olay kenti zor duruma sokmuştur. En büyük zararı ise Rüsûmat Dairesi yaşamış, rüsûmata ait bir bina, bir gümrük ambarı, bir kulübe ile gazhane deposu tamamıyla tahrip olmuştur. Ayrıca çok sayıda filika, çapar, motor gibi ulaşım aracının yanı sıra çeşitli cinste gemiler ile Şimendifer İskelesi, Gümrük İskelesi, Gazhane İskelesi tahrip edilmiş; Kılıçdede Mahallesi, Gazhane, Kumcağız civarları zarar görmüştür. Temmuz ayında daha kapsamlı bir saldırıda bulunan Ruslar belediyeye ait iskeleler, Hançerli, Rum, Ermeni mahalleleri, buğday pazarı ve limandaki yük gemilerini hedef almıştır. Birçok iskele ve depo da bombalamadan nasiplerini almışlardır. 1916 yılında tekrar saldıran Ruslar bu sefer Samsun Limanı'nı hedef almış, 25 Mayıs 1917 yılında Romanya Krallığı'na ait uçaklar kent üzerinde denetim uçuşları yapmışlardır. Rus bombardımanlarıyla geçen yıllarda Rum çetelerinin faaliyeti azalsa da tamamen durmamıştır.
