Osmanlı Devleti idaresi altındaki Karesi; devletin kuruluş ve yükseliş dönemlerinin sevinç ve refahını yaşamış; duraklama ve gerileme dönemlerinin de üzüntü ve sıkıntılarına ortak olmuştur. Böylece gerek ülke genelinde ve gerekse bölgede yaşanan ekonomik, siyasî, askerî, idarî pek çok olaylar neticesinde, Osmanlı Devleti’nin son dönemleri sayılabilecek 1800’lü yılların sonlarına gelinmişti.

Osmanlı Devleti’nin aldığı dış borçları ödeyemeyerek mali iflas yaşaması sonucu alacaklarının tehlikeye düşmesinden korkan Avrupa Devletleri, 1880’de Duyûn-ı Umûmiye (Genel borçlar) idaresini kurdurdular. Duyûn-i Umûmiye şubeleri ile devlet gelirlerinin bir kısmını doğrudan topladılar. Memleketin her yerinde olduğu gibi, Balıkesir, Ayvalık ve Bandırma gibi bölgenin yüksek gelirli yerlerinde de yıllarca faaliyet göstermişlerdir.

Balıkesir, Osmanlı Devletinin “93 harbi” diye anılan 1877-1878 yılındaki Osmanlı-Rus Savaşı ve 1912-1913 yıllarında Balkan Harbi’nde yenilmesi sonucu Balkanlardan çok sayıda göç almıştır. Rus ve Bulgarların katliamından kaçabilen pek çok insan Balıkesir ve civarına gelmiş ve yerleşmişlerdir. Ayrıca Rusların eline geçen Kafkasya toprakları ve özellikle Kırım’dan da kitleler halinde gelen insanlar bölgenin muhtelif yerlerinde iskân edilmişlerdir.

1914-1918 yılları arasında cereyan eden I. Dünya Harbine giren Osmanlı Devleti askerlerinin çarpıştığı pek çok cepheden bir tanesi de, bölgedeki Çanakkale Savaşıdır. Bu savaş, ülkenin her tarafında olduğu gibi Balıkesir’i de menfi olarak etkilemiştir. I. Dünya Savaşından yenik çıkan ve oldukça zayıf düşen Türklerin bu durumunu fırsat bilen Yunanlılar, gözlerini Batı Anadolu topraklarına diktiler. Yunanistan’ın buraları işgal etmesini diğer Avrupa devletleri de desteklediler. İtilâf devletlerinin tehditleri altında bulunan ve yeterli askeri, silahı olmayan, devletin de aciz kaldığını gören Türk halkı, müdafaa cemiyetleri kurmaya başladılar. 15 Mayıs 1919’da İzmir’e giren Yunanlar işgallerini Anadolu’nun içlerine doğru yaymaya başladılar. Balıkesir bölgesinde ilk defa 29 Mayıs’ta Ayvalık işgal edildi. Yunanlara karşı ilk silahlı mücadele Ayvalık’ta gerçekleşti. Bu arada Balıkesir’de 18 Mayıs’ta Vehbi (Bolak) Bey’in başkanlığında “Redd-i İlhak” heyeti oluşturuldu. Alaca Mescid’de oluşturulan 41 kişilik bu heyet hemen faaliyetlere başladı. 26-31 Temmuz 1919 ve 16-22 Eylül 1919 tarihlerinde yapılan I. ve II. Balıkesir Kongreleri neticesinde her bölgede Kuva-yi Milliye teşkilatları kuruldu.

Milli Mücadele için İstanbul’dan Balıkesir’e gelen yüzbaşı Kemal hemen askeri birlikler oluşturmaya başladı. Bu birlikler işgali önlemek için yer yer Yunanlarla çarpışmaktaydı. Soma ve Akhisar cephesi bunların en önemlisiydi. Fakat yeterli asker ve silahı bulunmayan Milli kuvvetler; hem sayıca çok hem de teçhizat olarak güçlü Yunan karşısında ancak bir yıl dayanabildiler.

Soma-Akhisar cephesinin dağılmasıyla, 22 Haziran 1920’den itibaren Yunan işgali içerilere doğru yayılmaya başladı. Halka da çok eziyet eden Yunanların en büyük yardımcıları, daha önceden buralarda yaşayan yerli Rumlardı. Yıllarca beraber yaşayan bu insanlar, şartlar değişince daha önceden kendilerinden hiç bir kötülük görmedikleri Türklere ihanet etmekteydiler. Kazaları işgal eden Yunanları, Kuva-yi Milliye güçleri hiç bir zaman rahat bırakmamış, direniş ve baskınlarla onları yıldırmışlardı. Bu arada Anadolu’da Türk halkını Yunanlara karşı direnmeye çağıran ve düzenli bir ordu kurmaya çalışan Mustafa Kemal’e Balıkesirliler destek vermişler ve işbirliği içerisinde olmuşlardır. Türk Milli Mücadelesi açısından bu şehrin çok ayrı ve özel bir yeri bulunmaktadır. Sakarya zaferiyle Anadolu topraklarının sahibi olduğunu bir defa daha ispatlayan Türkler, 9 Eylül 1922 de İzmir’de Yunanların denize dökülmesiyle Kurtuluş Savaşından başarıyla çıkabilmiştir. Eylül ayının ilk haftasındaki 3-4 gün içinde bütün Balıkesir ve kazaları kurtulmuştur. Bu arada Osmanlı Devleti de yerini Türkiye Cumhuriyeti Devletine bırakarak tarih sahnesinden çekilmiştir.