Türk Egemenliği Öncesi
MÖ 2.000 sonlarından itibaren Güneybatı Anadolu'da varlıkları bilinen ve Karya uygarlığını kurmuş kavim olan Karyalıların başkentleri başlangıçta Mylasa(Milas) iken, MÖ 4. yüzyılda Mausolus tarafından Halikarnas'a (Bodrum) taşınmış, ancak Mylasa önemini korumuştur. Yaklaşık olarak bugünkü Büyük Menderes Nehri ile Dalaman Çayı arasındaki bölgeye denk gelen yayılma alanlarında çok sayıda köy ve mezra türü yerleşimin bir araya gelerek oluşturduğu federasyonlar etrafında örgütlenmişlerdir.
Yaklaşık olarak MÖ 1.150’den MÖ 545'e kadar bağımsızlığını muhafaza eden Karyalılar, özellikle başlangıçta denizcilikle uğraştılar. Kıyılarda Helenistik kolonilerin kurulmaya başlamasından sonra da, Karya hakimiyeti ve kültürü iç bölgelerde devam etmiş; bu dönemde Mylasa (Milas), Stratonikeia (Eskihisar/Yatağan), Idyma (Akyaka/Ula) gibi gerçek anlamda Karya kentleri; yine Mylasa, Labranda, Kyramus, gibi Karya kült merkezleri ortaya çıkmıştır
MÖ 7. ve 6. YıllardaLidya kralları Anadolu'nun önemli bir kısmı gibi Karya Dor kentlerini de ele geçirdiler. MÖ 546'da Lidyalıların Perslere yenilmesinden itibaren ise, Karyalılar da Pers İmparatorluğu'nun yönetimi altına girdiler. Karyalıların, kendi bölgelerinde Perslere karşı kayda değer direniş örnekleri sergiledikleri ve Atina merkezli olarak kurulan Attik Delos Birliği'ne bir süre üye oldukları anlaşılmaktadır.
Bölge sırasıyla; MÖ 334 yılında (Halikarnassos/Bodrum ve civarı) Makedonya Kralı Büyük İskender’ in, MÖ 189’da Bergama Krallığının, MÖ 133’te Roma İmparatorluğu’nun, 395’te Roma İmparatorluğu’nun ikiye ayrılmasıyla da Doğu Roma (Bizans) İmparatorluğu’nun hakimiyetine girmiş. Türklerin eline geçmesi Uç Beylerden Menteşe Bey tarafından 1284 de gerçekleşmiş.
Türk Göçleri
7. yüzyıldan beri İslam dünyasının ilgisini çekmeye başlayan Anadolu, Selçuklu İmparatorluğu’nun 1071 Malazgirt Zaferi’nden sonra Türklerin egemenliğine geçti. Muğla bölgesinin Selçuklular döneminde Türk ve İslam topluluklarına yaylak ve otlak durumuna geldiği ve Menteşe Beyliği’nden çok önce yöreye Türkmen boylarının yerleştiği hususu tarihçiler tarafından belirtilmektedir.
1220’li yıllardan beri devam eden Moğol istilası, Türk topluluklarını Küçük Asya’ya (Anadolu’ya) doğru göçe zorluyordu. Anadolu’da Selçuklu Devleti, doğudan gelen Moğol istilaları ile alttan alta oyuldu. 1260’lı yıllardan itibaren bölgenin eski hakimi Bizanslılar, Karya ülkesine yeni gelmeye başlayan İslam-Türk unsurlarla tanışmaya başladılar. Özellikle Denizli-Fethiye arasında uzayan geniş yaylak ve otlaklar, Menteşe Bey’den önce gelip, yöreyi yurt edinen gezgin Türkmen obaları ile doldu, taştı.
Türk Egemenliğinde Muğla
Selçuklu Devleti Anadolu'yu iskan politikası çerçevesinde, özellikle Moğol zulmünden kaçarak doğudan gelen Türk boylarını Batı Anadolu'nun uç bölgelerine yerleştiriyorlardı. Menteşe Bey'in kumandasındaki Türkler de Karya’ya, bugünkü Muğla bölgesine yerleştirildi. Bu arada Moğol baskısının etkisiyle Anadolu Selçuklu Devleti'nin nüfuzunun günden güne azalması, uçlardaki bu Türk unsurlara geniş bir hareket serbestliği vermekteydi. Nitekim, Menteşe Bey idaresindeki Türkmenler de, 1261’den sonra Muğla çevresinde fetihlere girişerek, bölgeye daha sağlam bir şekilde yerleşmeye başladılar.
1278 yılında, Bizans İmparatoru VIII. Mikhail Palaiologos’un oğlu Andronikos, Muğla’yı büyük bir ordu ile kuşattı ise de alamadı. Aydın ve Güzelhisar kalelerini tahkim etmekle yetinip geri dönmek zorunda kaldı. Onun dönüşü ile harekete geçen Menteşe Bey, kısa sürede Aydın ile Güzelhisar'ı zaptetti (1282). Böylece Türkler, Menderes havzasına ve Karya’ya tamamen hâkim oldular.
Kimi kaynaklarda; Menteşe Bey’in 1284 yılında Aydın-Güzelhisar’da Taralleis Savaşı olarak bilinen gaza olayı sonrasında Karya topraklarına girdiği yazılmaktadır.
Menteşe Bey Karya’nın içlerine doğru ilerledikçe, Bizans nüfusunun önemli bölümü kıyılara ya da adalara kaçtı. Yörede kalan Bizans nüfusunu Türkleştirip İslamlaştırdıktan sonra, yeni fethedilen ve nüfusu büyük ölçüde azalan Karya topraklarına Germiyanoğulları boylarından topluluklar istedi. Bu isteği uygun görülerek yeni fethedilen Karya topraklarına çok sayıda topluluk gönderilmeye başladı. Böylece, yörenin ilk nüfusu Germiyan Türklerinden oluştu. Karya adı bırakıldı; yöreye fatihinin adı olan “Menteşe” verildi.
1282 yılından sonra vuku bulan olaylarda, Menteşe Beyin adına rastlanmamaktadır. Bu durumda onun, 1282 yılı sonunda veya 1283’te vefat ettiği sanılmaktadır. Fethiyeyakınlarında bulunan türbesinde gömülüdür.
Menteşe Beyliği, diğer Türkmen beylikleri içinde birden gelişen Osmanlı Beyliği karşısında fazla dayanamazdı. Bütün Türk beyliklerini tek çatı altında toplama politikası güden ve giderek cihan imparatorluğuna yönelen Osmanlı Devleti, Yıldırım Bayezid zamanında (1391) Menteşe Beyliği’ni Osmanlı topraklarına kattı.
Bölgedeki bu ilk Osmanlı hakimiyeti geçici olmuş; Menteşe, 1402'de Çubuk Zaferi’nden sonra Timur’un hakimiyetine girmiş ve 22 yıl daha bağımsız kalmış; 1424 yılında Fatih Sultan Mehmet’in babası II. Murat tarafından kesin olarak Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Rodos adasını almak üzere 16 Haziran 1522 tarihinde İstanbul’dan yüz bin kişilik ordu ile Menteşe iline hareket eden Osmanlı Sultanı Kanuni Sultan Süleyman, 23 Temmuz 1522 günü Menteşe’ye geldi. 28 Temmuz 1522’de Rodos’a ulaşan Kanuni, aynı yılın Ekim ayında Rodos’u aldı. Dönüş yolunda da aynı güzergâhı takip etti. 8 Kasım 1522 günü Menteşe’ye geldi, 1 gün mola verip otağ kurdu. O güne kadar alınamayan Bodrum Kalesi’nin fethini Palas Mustafa Paşa’ya emretti. Tamamlanan bu fetih ile beraber ilimizin yaklaşık olarak bugünkü sınırları çizildi.
Kentin siyasi önemi Osmanlı devrinde daha da artmıştır çünkü Menteşe Beyliği devrinde bu bölgenin yönetim merkezi Milas iken, Osmanlı devleti bu yeni sancağın yönetim merkezi olarak Muğla'yı seçmiştir.
Kurtuluş Savaşı Yılları
I.Dünya Savaşı’ndan yenik çıkan Osmanlı imparatorluğunun toprakları İtilaf Devletleri tarafından paylaşılınca, Muğla 11 Mayıs 1919 tarihinde İtalya tarafından işgal edildi.İtalya’nın Menteşe’deki işgalinde, Yunanistan’ın silahlı mezalimi görülmez. İtalya, Menteşe’ye “Hululü Muslihane Politikası (ılımlı, barışçıl politika)” güderek çıkarma yaptı.
Anadolu’nun işgali sırasında Muğla'da Kocahan Mitingi düzenlenmiş ve tüm Anadolu şehirleri gibi Muğla’nın da bu işgallere direneceği ilan edilmiştir. Bunun üzerine kentte Müdafaa-i Vatan Cemiyeti, Muğla Serdengeçtiler Müfrezesi, Muğla Kuvayi Milliyecileri gibi direniş komiteleri kurulmuştur. 1920’de Ankara’da açılan 1. Dönem meclisine 6 milletvekili gönderen kent, İtalyanların kentte fazla etkin olmamasından yararlanarak Menderes boyunca başlayan Yunan işgaline karşı kurulan direniş faaliyetlerine katılmıştır. Ege’de 57. Tümenden kalanlarla birleşen gönüllüler, Aydın çarpışmalarında düşmana ağır kayıplar verdirmişlerdir. Ege illeri arasında Muğla işgal sırasında en fazla şehit veren il olmuştur. Anadolu'daki durumun kötüye gittiğini anlayan İtalya, 2. İnönü Zaferi kazanıldıktan sonra ülkesindeki iç siyasal dalgalanmalarını öne sürerek 5 temmuz 1921’de Muğla'dan ayrılmıştır.